Branch Coverage

blib/lib/Bio/ToolBox/db_helper/useq.pm

Criterion	Covered	Total	%
branch	43	66	65.1

line	true	false	branch
51	1	6	if ($param->[4] eq 'antisense') { }
	5	1	elsif ($param->[4] eq 'all') { }
72	0	7	unless my $chromo = $USEQ_CHROMOS{$param->[$d]}{$param->[0]}
75	1	6	if ($param->[5] eq 'count') { }
	1	5	elsif ($param->[5] eq 'ncount') { }
	1	4	elsif ($param->[5] eq 'pcount') { }
83	0	1	unless $iterator
98	0	1	unless $iterator
114	0	1	unless $iterator
118	431	6	if $f->start >= $param->[1] and $f->end <= $param->[2]
133	0	7	wantarray ? :
146	0	5	if ($param->[4] eq 'antisense') { }
	0	5	elsif ($param->[4] eq 'all') { }
167	0	5	unless my $chromo = $USEQ_CHROMOS{$param->[$d]}{$param->[0]}
176	0	5	unless $iterator
183	0	244	if ($f->start == $f->end) { }
198	19	225	unless $position >= $param->[1] and $position <= $param->[2]
202	44	181	if ($param->[5] eq 'count') { }
	44	137	elsif ($param->[5] eq 'ncount') { }
	44	93	elsif ($param->[5] eq 'pcount') { }
211	42	2	if $f->start >= $param->[1] and $f->end <= $param->[2]
222	1	4	if ($param->[5] eq 'ncount') { }
	2	2	elsif ($param->[5] eq 'count' or $param->[5] eq 'pcount') { }
	2	0	elsif ($param->[5] eq 'mean') { }
	0	0	elsif ($param->[5] eq 'median') { }
	0	0	elsif ($param->[5] eq 'min') { }
	0	0	elsif ($param->[5] eq 'max') { }
	0	0	elsif ($param->[5] eq 'sum') { }
267	0	5	wantarray ? :
284	0	2	unless $useq
295	11	1	if exists $OPENED_USEQ{$useqfile}
298	0	1	unless my $useq = open_useq_db($useqfile)
306	1	0	if ($s =~ /^chr(.+)$/) { }