File Coverage

blib/lib/BioX/Workflow/Rules.pm
Criterion Covered Total %
statement 12 22 54.5
branch 3 12 25.0
condition n/a
subroutine 2 4 50.0
pod 1 1 100.0
total 18 39 46.1


line stmt bran cond sub pod time code
1             package BioX::Workflow::Rules;
2              
3 2     2   1080 use Moose::Role;
  2         3  
  2         21  
4              
5             =head1 BioX::Workflow::Rules
6              
7             Check rules, select rules, match against rules. Its all about the rules.
8              
9             =head2 Variables
10              
11             =head3 select_rules
12              
13             Select a subsection of rules
14              
15             =cut
16              
17             has 'select_rules' => (
18             traits => ['Array'],
19             is => 'rw',
20             isa => 'ArrayRef[Str]',
21             default => sub { [] },
22             required => 0,
23             handles => {
24             all_select_rules => 'elements',
25             add_select_rule => 'push',
26             map_select_rules => 'map',
27             filter_select_rules => 'grep',
28             find_select_rule => 'first',
29             get_select_rule => 'get',
30             join_select_rules => 'join',
31             count_select_rules => 'count',
32             has_select_rules => 'count',
33             has_no_select_rules => 'is_empty',
34             sorted_select_rules => 'sort',
35             },
36             documentation => q{Select a subselection of rules.},
37             );
38              
39             =head3 match_rules
40              
41             Select a subsection of rules by regexp
42              
43             =cut
44              
45             has 'match_rules' => (
46             traits => ['Array'],
47             is => 'rw',
48             isa => 'ArrayRef[Str]',
49             default => sub { [] },
50             required => 0,
51             handles => {
52             all_match_rules => 'elements',
53             add_match_rule => 'push',
54             map_match_rules => 'map',
55             filter_match_rules => 'grep',
56             find_match_rule => 'first',
57             get_match_rule => 'get',
58             join_match_rules => 'join',
59             count_match_rules => 'count',
60             has_match_rules => 'count',
61             has_no_match_rules => 'is_empty',
62             sorted_match_rules => 'sort',
63             },
64             documentation => q{Select a subselection of rules by regular expression},
65             );
66              
67             =head3 number_rules
68              
69             Instead of
70             outdir/
71             rule1
72             rule2
73              
74             outdir/
75             001-rule1
76             002-rule2
77              
78             =cut
79              
80             has 'number_rules' => (
81             is => 'rw',
82             isa => 'Bool',
83             default => 0,
84             );
85              
86             =head3 counter_rules
87              
88             Keep track of the number of our rules. Only used when --number_rules enabled
89              
90             =cut
91              
92             has 'counter_rules' => (
93             traits => ['Counter'],
94             is => 'rw',
95             isa => 'Num',
96             default => 1,
97             handles => {
98             inc_counter_rules => 'inc',
99             dec_counter_rules => 'dec',
100             reset_counter_rules => 'reset',
101             },
102             );
103              
104             =head3 override_process
105              
106             local:
107             - override_process: 1
108              
109             =cut
110              
111             has 'override_process' => (
112             traits => ['Bool'],
113             is => 'rw',
114             isa => 'Bool',
115             default => 0,
116             predicate => 'has_override_process',
117             documentation =>
118             q(Instead of for my $sample (@sample){ DO STUFF } just DOSTUFF),
119             handles => {
120             set_override_process => 'set',
121             clear_override_process => 'unset',
122             },
123             );
124              
125             =head2 Subroutines
126              
127             =head3 check_rules
128              
129             If we have select_rules or match_rule only process those rules and skip all others
130              
131             =cut
132              
133             sub check_rules{
134 9     9 1 19 my $self = shift;
135              
136 9         15 my $ret = 0;
137 9         259 my $p = $self->key;
138              
139 9         34 $DB::single=2;
140 9         16 $DB::single=2;
141              
142 9 50       288 if ( $self->has_select_rules ) {
143 0 0   0   0 if ( !$self->filter_select_rules( sub {/^$p$/} ) ) {
  0         0  
144 0         0 $ret = 1;
145             }
146             }
147              
148 9 50       283 if ( $self->has_match_rules ) {
149 0 0   0   0 if ( !$self->map_match_rules( sub {$p =~ m/$_/} ) ) {
  0         0  
150 0         0 $ret = 1;
151             }
152             }
153              
154 9 50       32 if($ret){
155 0         0 $self->OUTPUT_to_INPUT;
156 0         0 $self->clear_process_attr;
157              
158 0         0 $self->pkey( $self->key );
159 0 0       0 $self->indir( $self->outdir . "/" . $self->pkey )
160             if $self->auto_name;
161             }
162              
163 9         33 return $ret;
164             }
165              
166             1;