File Coverage

blib/lib/GenOO/Junction.pm
Criterion Covered Total %
statement 6 6 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 2 2 100.0
pod n/a
total 8 8 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             # POD documentation - main docs before the code
2              
3             =head1 NAME
4              
5             GenOO::Junction - A junction (eg exon-exon) object with features
6              
7             =head1 SYNOPSIS
8              
9             # This class represents the connection of two genomic regions in its
10             # simplest form. It basically only contains the connecting genomic positions
11            
12             # To instantiate
13             my $junction = GenOO::Junction->new(
14             species => undef,
15             strand => undef,
16             chromosome => undef,
17             start => undef,
18             stop => undef,
19             });
20              
21             =head1 DESCRIPTION
22              
23             The GenOO::Junction class descibes a genomic junction.
24              
25             =head1 EXAMPLES
26              
27             my $junction = GenOO::Junction->new(
28             species => transcript->species,
29             strand => transcript->strand,
30             chromosome => transcript->chromosome,
31             start => exon1->stop,
32             stop => exon2->start,
33             );
34              
35             =cut
36              
37             # Let the code begin...
38              
39             package GenOO::Junction;
40             $GenOO::Junction::VERSION = '1.5.2';
41              
42             #######################################################################
43             ####################### Load External modules #####################
44             #######################################################################
45 1     1   9 use Moose;
  1         2  
  1         10  
46 1     1   7122 use namespace::autoclean;
  1         3  
  1         9  
47              
48              
49             #######################################################################
50             ########################### Inheritance ###########################
51             #######################################################################
52             extends 'GenOO::GenomicRegion';
53              
54              
55             #######################################################################
56             ####################### Interface attributes ######################
57             #######################################################################
58             has 'part_of' => (
59             is => 'rw',
60             weak_ref => 1
61             );
62              
63              
64             #######################################################################
65             ############################ Filanize #############################
66             #######################################################################
67             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
68              
69             1;