File Coverage

lib/BoutrosLab/TSVStream/Format/VCF/AsAnnovarInputChr/Fixed.pm
Criterion Covered Total %
statement 18 18 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 6 6 100.0
pod n/a
total 24 24 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             # safe Perl
2 1     1   22635 use warnings;
  1         2  
  1         25  
3 1     1   4 use strict;
  1         1  
  1         14  
4 1     1   3 use Carp;
  1         1  
  1         68  
5              
6             =head1 NAME
7              
8             BoutrosLab::TSVStream::Format::VCF::AsAnnovarInputChr::Fixed
9              
10             =cut
11              
12             package BoutrosLab::TSVStream::Format::VCF::AsAnnovarInputChr::Fixed;
13              
14 1     1   427 use Moose;
  1         300205  
  1         6  
15 1     1   5075 use namespace::autoclean;
  1         5705  
  1         3  
16              
17 1     1   413 use BoutrosLab::TSVStream::Format::VCF::Role;
  1         3  
  1         83  
18              
19             with qw(
20             BoutrosLab::TSVStream::Format::VCF::Role::AsAnnovarInputChr
21             BoutrosLab::TSVStream::IO::Role::Fixed
22             );
23              
24             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
25              
26             =head1 SEE ALSO
27              
28             =over
29              
30             =item BoutrosLab::TSVStream::Format::AnnovarInput::Role
31              
32             for a description of the AnnovarInput attributes; this module supports
33             using a VCF stream source as if it were in AnnovarInput format, with the
34             B<chr> attribute, with leading 'chr' inserted.
35              
36             =item BoutrosLab::TSVStream::IO
37              
38             for a description of converting to/from a TSVStream using a reader
39             or a writer. This module only allows for the fixed attributes.
40              
41             =back
42              
43             =head1 AUTHOR
44              
45             John Macdonald - Boutros Lab
46              
47             =head1 ACKNOWLEDGEMENTS
48              
49             Paul Boutros, Phd, PI - Boutros Lab
50              
51             The Ontario Institute for Cancer Research
52              
53             =cut
54              
55             1;
56