File Coverage

blib/lib/BioX/Workflow/Plugin/ENV.pm
Criterion Covered Total %
statement 14 14 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 5 5 100.0
pod n/a
total 19 19 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package BioX::Workflow::Plugin::ENV;
2              
3 1     1   20242 use strict;
  1         2  
  1         24  
4 1     1   19 use 5.008_005;
  1         3  
5             our $VERSION = '0.01';
6              
7 1     1   949 use Data::Dumper;
  1         10163  
  1         61  
8 1     1   914 use Data::Pairs;
  1         2371  
  1         40  
9              
10 1     1   822 use Moose::Role;
  1         533948  
  1         5  
11              
12             before 'write_process' => sub {
13             my $self = shift;
14              
15             $DB::single=2;
16             my $tmp = "EXPORT SAMPLE={\$sample} && \\\n";
17             $DB::single=2;
18             my $newprocess = $tmp.$self->process;
19             $self->process($newprocess);
20             };
21              
22             1;
23             __END__
24              
25             =encoding utf-8
26              
27             =head1 NAME
28              
29             BioX::Workflow::Plugin::ENV - Export SAMPLE to ENV
30              
31             =head1 SYNOPSIS
32              
33             plugins:
34             - ENV
35             global:
36             - thing1: thing2
37              
38             =head1 DESCRIPTION
39              
40             BioX::Workflow::Plugin::ENV is a simple plugin to export your Sample name to your environment
41              
42             =head1 AUTHOR
43              
44             Jillian Rowe E<lt>jillian.e.rowe@gmail.comE<gt>
45              
46             =head1 COPYRIGHT
47              
48             Copyright 2015- Jillian Rowe
49              
50             =head1 LICENSE
51              
52             This library is free software; you can redistribute it and/or modify
53             it under the same terms as Perl itself.
54              
55             =head1 SEE ALSO
56              
57             =cut