File Coverage

blib/lib/BioX/Workflow/Command/run/Utils/Debug.pm
Criterion Covered Total %
statement 9 9 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 3 3 100.0
pod n/a
total 12 12 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package BioX::Workflow::Command::run::Utils::Debug;
2              
3 1     1   726 use Moose::Role;
  1         2  
  1         10  
4 1     1   5899 use namespace::autoclean;
  1         4  
  1         11  
5              
6 1     1   92 use Storable qw(dclone);
  1         3  
  1         302  
7              
8             =head1 BioX::Workflow::Command::run::utils::Debug
9              
10             Options for debugging. Stick your whole environment in memory, and figure out what went wrong.
11              
12             =head2 Variables
13              
14             =head3 save_object_env
15              
16             Save object env. This will save all the variables. Useful for debugging, but gets unweildly for larger workflows.
17              
18             =cut
19              
20             option 'save_object_env' => (
21             is => 'rw',
22             isa => 'Bool',
23             default => 0,
24             predicate => 'has_save_object_env',
25             clearer => 'clear_save_object_env',
26             );
27              
28             =head2 _classes
29              
30             Saves a snapshot of the entire namespace for the initial environment, and each rule.
31              
32             =cut
33              
34             has '_classes' => (
35             is => 'rw',
36             isa => 'HashRef',
37             default => sub { return {} },
38             required => 0,
39             predicate => 'has_classes',
40             clearer => 'clear_classes',
41             );
42              
43             =head2 save_env
44              
45             At each rule save the env for debugging purposes.
46              
47             =cut
48              
49             sub save_env {
50             my $self = shift;
51              
52             return unless $self->save_object_env;
53              
54             $DB::single = 2;
55             $self->_classes->{ $self->key } = dclone($self);
56             return;
57             $DB::single = 2;
58             }
59              
60             1;