File Coverage

blib/lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/PhylipConf.pm
Criterion Covered Total %
statement 12 12 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 4 4 100.0
pod n/a
total 16 16 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             # BioPerl module for Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf
2             #
3             # Created by
4             #
5             # Shawn Hoon
6             #
7             # You may distribute this module under the same terms as perl itself
8              
9             # POD documentation - main docs before the code
10              
11             =head1 NAME
12              
13             Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf
14              
15             =head1 SYNOPSIS
16              
17             use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf;
18             my %menu = %{$Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf::Menu->{$version}->{'PROTDIST'}};
19              
20             =head1 DESCRIPTION
21              
22             A configuration for managing menu configuration differences
23             between version 3.5 and 3.6
24              
25             =head1 FEEDBACK
26              
27             =head2 Mailing Lists
28              
29             User feedback is an integral part of the evolution of this and other
30             Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
31             of the Bioperl mailing lists. Your participation is much appreciated.
32              
33             bioperl-l@bioperl.org - General discussion
34             http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - About the mailing lists
35              
36             =head2 Support
37              
38             Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
39              
40             I
41              
42             rather than to the module maintainer directly. Many experienced and
43             reponsive experts will be able look at the problem and quickly
44             address it. Please include a thorough description of the problem
45             with code and data examples if at all possible.
46              
47             =head2 Reporting Bugs
48              
49             Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
50             the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
51             web:
52              
53             http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
54              
55             =head1 AUTHOR - Shawn Hoon
56              
57             Email shawnh@fugu-sg.org
58              
59             =head1 CONTRIBUTORS
60              
61             Email:jason-at-bioperl.org
62              
63             =head1 APPENDIX
64              
65             The rest of the documentation details each of the object
66             methods. Internal methods are usually preceded with a _
67              
68             =cut
69              
70             #'
71              
72             package Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf;
73              
74 7     7   23 use strict;
  7         8  
  7         157  
75 7     7   21 use Exporter;
  7         7  
  7         273  
76 7     7   24 use vars qw(@ISA %Menu %FileName $RESOLUTIONX $RESOLUTIONY @EXPORT_OK);
  7         7  
  7         426  
77 7     7   23 use base 'Exporter';
  7         7  
  7         4197  
78              
79             $RESOLUTIONX = 300;
80             $RESOLUTIONY = 300;
81              
82             @EXPORT_OK = qw(%FileName %Menu);
83              
84             %FileName = (
85             "3.5"=>{'OUTFILE'=>'outfile',
86             'TREEFILE'=>'treefile',
87             'PLOTFILE'=>'plotfile',
88             },
89             "3.6"=>{'OUTFILE'=>'outfile',
90             'TREEFILE'=>'outtree',
91             'PLOTFILE'=>'plotfile',
92             },
93             );
94            
95             %Menu =
96             (
97             "3.5" => {
98             'PROTDIST' => {
99             'MODEL' => {
100             'CAT' =>"P\nP\n",
101             'KIMURA'=>"P\n",
102             },
103             'GENCODE'=> {
104             'ALLOWED'=>"UMVFY",
105             'OPTION' =>"C\n",
106             },
107             'CATEGORY'=>{
108             'ALLOWED'=>"CHG",
109             'OPTION' =>"A\n",
110             },
111             'PROBCHANGE'=>"E\n",
112             'TRANS' =>"T\n",
113             'FREQ' =>"F\n",
114             'SUBMIT' =>"Y\n",
115             'MULTIPLE' =>"M\n",
116             },
117             'NEIGHBOR'=>{
118             'TYPE' => {
119             'UPGMA'=>"N\n",
120             },
121             'OUTGROUP'=>"O\n",
122             'LOWTRI' =>"L\n",
123             'UPPTRI' =>"R\n",
124             'SUBREP' =>"S\n",
125             'JUMBLE' =>"J\n",
126             'SUBMIT' =>"Y\n",
127             'MULTIPLE' =>"M\n",
128             },
129             'PROTPARS'=>{
130             'THRESHOLD'=>"T\n",
131             'JUMBLE' =>"J\n",
132             'OUTGROUP' =>"O\n",
133             'SUBMIT' =>"Y\n",
134             },
135            
136             'SEQBOOT'=>{
137             'DATATYPE' =>{
138             'SEQUENCE'=>"",
139             'MORPH' =>"D\n",
140             'REST' =>"D\nD\n",
141             'GENEFREQ'=>"D\nD\nD\n",
142             },
143             'ALLELES' => "A\n",
144             'PERMUTE' => {
145             'BOOTSTRAP'=>"",
146             'JACKKNIFE'=>"J\n",
147             'PERMUTE' =>"J\nJ\n",
148             },
149             'REPLICATES'=>"R\n",
150             'SUBMIT' =>"Y\n",
151             },
152             'CONSENSE'=>{
153             'ROOTED' => "R\n",
154             'OUTGROUP' => "O\n",
155             'SUBMIT' =>"Y\n",
156             },
157             },
158             "3.6"=>{
159             'PROTDIST'=>{
160             'MODEL' => {
161             'PMB' =>"P\n",
162             'PAM' =>"P\nP\n",
163             'KIMURA' =>"P\nP\nP\n",
164             'CAT' =>"P\nP\nP\nP\n",
165             'JTT' =>"Y\n",
166             },
167             'GENCODE'=> {
168             'ALLOWED'=>"UMVFY",
169             'OPTION' =>"U\n",
170             },
171             'CATEGORY'=> {
172             'ALLOWED'=>"CHG",
173             'OPTION' =>"A\n",
174             },
175             'PROBCHANGE'=>"E\n",
176             'TRANS' =>"T\n",
177             'FREQ' =>"F\n",
178             'WEIGHTS' =>"W\n",
179             'SUBMIT' => "Y\n",
180             'MULTIPLE' =>"M\nD\n",
181             },
182             'NEIGHBOR' => {
183             'TYPE' => {
184             'UPGMA'=>"N\n",
185             },
186             'OUTGROUP'=>"O\n",
187             'LOWTRI' =>"L\n",
188             'UPPTRI' =>"R\n",
189             'SUBREP' =>"S\n",
190             'JUMBLE' =>"J\n",
191             'SUBMIT' =>"Y\n",
192             'MULTIPLE' =>"M\n",
193             },
194             'PROTPARS' => {
195             'THRESHOLD'=>"T\n",
196             'JUMBLE' =>"J\n",
197             'OUTGROUP' =>"O\n",
198             'SUBMIT' =>"Y\n",
199             },
200             'DRAWGRAM' => {
201             'SCALE' => "R\n",
202             'HORIZMARGINS' => "M\n%.2f\n%.2f\n",
203             'VERTICALMARGINS' => "M\n%.2f\n%.2f",
204             'SCREEN' => {
205             'Y|YES|1' => "V\nX\n",
206             'N|NO|0' => "V\nN\n",
207             },
208             'FONT' => "F\n%s\n",
209             'PAGES' => {
210             'L|PAGES|SIZE' => "#\nL\n%d\n%d\nM\n",
211             'P|PHYSICAL' => "#\nP\n%.4f\n%.4f\nM\n",
212             'O|OVERLAP' => "#\nO\n%.4f\n%.4f\nM\n",
213             },
214             'PLOTTER' => {
215             'P|POSTSCRIPT' => "P\nL\n",
216             'PICT' => "P\nM\n",
217             "HP|PCL|LaserJect" => "P\nJ\n",
218             "BMP" => "P\nW\n$RESOLUTIONX\n$RESOLUTIONY",
219             "FIG" => "P\nF\n",
220             "IDRAW" => "P\nA\n",
221             "VRML" => "P\nZ\n",
222             "PCX" => "P\nP\n3\n",
223             },
224             'ANCESTRALNODES' => {
225             'I|INTER|INTERMEDIETE' => "A\nI\n",
226             'W|WEIGHTED' => "A\nW\n",
227             'C|CENT|CENTERED' => "A\nC\n",
228             'N|INNER|INNERMOST' => "A\nN\n",
229             'V' => "A\nV\n",
230             },
231             'TREESTYLE' => {
232             'C|CLAD|CLADOGRAM' => "S\nC\n",
233             'P|PHEN|PHENOGRAM' => "S\nP\n",
234             'V|CURV|CURVOGRAM' => "S\nV\n",
235             'E|EURO|EUROGRAM' => "S\nE\n",
236             'S|SWOOP|SWOOPOGRAM' => "S\nS\n",
237             'O|CIRC|CIRCULAR' => "S\nO\n",
238             },
239             'TIPSPACE' => "C\n%.4f\n",
240             'STEMLEN' => "T\n%.4f\n",
241             'TREEDEPTH' => "D\n%.4f\n",
242             'LABEL_ANGLE' => "L\n%.4f\n",
243             'USEBRANCHLENS' => {
244             '1|Y|YES' => "",
245             '0|N|NO' => "B\n",
246             },
247             },
248             'DRAWTREE' => {
249             'SCREEN' => {
250             'Y|YES|1' => "V\nX\n",
251             'N|NO|0' => "V\nN\n",
252             },
253             'PLOTTER' => {
254             'L|P|POSTSCRIPT' => "P\nL\n",
255             'PICT' => "P\nM\n",
256             "HP|PCL|LaserJect" => "P\nJ\n",
257             "BMP" => "P\nW\n$RESOLUTIONX\n$RESOLUTIONY",
258             "FIG" => "P\nF\n",
259             "IDRAW" => "P\nA\n",
260             "VRML" => "P\nZ\n",
261             "PCX" => "P\nP\n3\n",
262             },
263             'LABEL_ANGLE' => {
264             'F|FIXED' => "L\nF\n%d\n",
265             'R|RADIAL' => "L\nR\n",
266             'A|ALONG' => "L\nA\n",
267             'M|MIDDLE' => "L\nM\n",
268             },
269             'ROTATION' => "R\n%d\n",
270             'ITERATE' => {
271             'E|EQUAL|DAYLIGHT' => "",
272             'N|NBODY|N-BODY' => "I\n",
273             'NO|FALSE' => "I\nI\n",
274             },
275             'TREEARC' => "I\nI\nA\n%d\n",
276             'SCALE' => "S\n%.2f\n",
277             'PAGES' => {
278             'L|PAGES|SIZE' => "#\nL\n%d\n%d\nM\n",
279             'P|PHYSICAL' => "#\nP\n%.4f\n%.4f\nM\n",
280             'O|OVERLAP' => "#\nO\n%.4f\n%.4f\nM\n",
281             },
282             'HORIZMARGINS' => "M\n%.2f\n%.2f\n",
283             'VERTICALMARGINS' => "M\n%.2f\n%.2f",
284             },
285             'SEQBOOT'=>{
286             'DATATYPE' => {
287             'SEQUENCE'=> "",
288             'MORPH' =>"D\n",
289             'REST' =>"D\nD\n",
290             'GENEFREQ'=>"D\nD\nD\n",
291             },
292             'ALLELES' => "A\n",
293             'PERMUTE' => {
294             'BOOTSTRAP'=>"",
295             'JACKKNIFE'=>"J\n",
296             'PERMUTE' =>"J\nJ\n",
297             },
298             'REPLICATES'=>"R\n",
299             'SUBMIT' =>"Y\n",
300             },
301             'CONSENSE'=>{
302             'TYPE' => {
303             'MRE' =>"",
304             'STRICT' =>"C\n",
305             'MR' =>"C\nC\n",
306             'ML' =>"C\nC\nC\n",
307             },
308             'ROOTED' => "R\n",
309             'OUTGROUP' => "O\n",
310             'SUBMIT' =>"Y\n",
311             },
312             },
313             );
314              
315             1;