File Coverage

blib/lib/Bio/Tools/Run/BlastPlus/Config.pm
Criterion Covered Total %
statement 18 18 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 6 6 100.0
pod n/a
total 24 24 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             #$Id$
2             package Bio::Tools::Run::BlastPlus::Config;
3 1     1   3 use strict;
  1         1  
  1         21  
4 1     1   3 use warnings;
  1         0  
  1         20  
5 1     1   3 no warnings qw(qw);
  1         1  
  1         33  
6 1     1   3 use Bio::Root::Root;
  1         1  
  1         12  
7 1     1   2 use Exporter;
  1         1  
  1         29  
8 1     1   3 use base qw(Bio::Root::Root);
  1         0  
  1         425  
9              
10             our (@ISA, @EXPORT, @EXPORT_OK);
11             push @ISA, 'Exporter';
12             @EXPORT = qw(
13             @program_commands
14             %command_prefixes
15             %composite_commands
16             @program_params
17             @program_switches
18             %param_translation
19             %command_files
20             $program_name
21             $program_dir
22             $use_dash
23             $join
24             );
25              
26             @EXPORT_OK = qw();
27              
28             # getting the parms and switches from the usage string:
29              
30             #$ blastp -h | perl -ne '@a = m/\[(.*?)\]/g; for $a (@a) { @b = split(/\s+/,$a); $b[0]=~s/-//; $ptr = (@b==1 ? \@s : \@p ); push @$ptr, $b[0]; } END { print "p arms\n", join("\n",@p), "\n\n", "switches\n", join("\n",@s); }'
31              
32             # '*' indicates a 'pseudo'-program : i.e. each
33             # command has its own executable...
34              
35             our $program_name = '*blast+';
36             our $use_dash = 'single';
37             our $join = ' ';
38              
39             our @program_commands = qw(
40             run
41             blastn
42             blastx
43             tblastx
44             tblastn
45             blastp
46             psiblast
47             rpsblast
48             rpstblastn
49             makeblastdb
50             blastdb_aliastool
51             blastdbcmd
52             blastdbcheck
53             convert2blastmask
54             dustmasker
55             segmasker
56             windowmasker
57             );
58              
59             # full command => prefix
60             our %command_prefixes = (
61             run => 'run',
62             blastn => 'bln',
63             blastx => 'blx',
64             tblastx => 'tbx',
65             tblastn => 'tbn',
66             blastp => 'blp',
67             psiblast => 'psi',
68             rpsblast => 'rps',
69             rpstblastn => 'rpst',
70             makeblastdb => 'mak',
71             blastdb_aliastool => 'dba',
72             blastdbcmd => 'dbc',
73             blastdbcheck => 'dbk',
74             convert2blastmask => 'c2m',
75             dustmasker => 'dms',
76             segmasker => 'sms',
77             windowmasker => 'wms'
78             );
79              
80             # each elt : pfx|wrapper_parm_name
81              
82             our @program_params = qw(
83             command
84             tbn|import_search_strategy
85             tbn|export_search_strategy
86             tbn|db
87             tbn|dbsize
88             tbn|gilist
89             tbn|negative_gilist
90             tbn|entrez_query
91             tbn|subject
92             tbn|subject_loc
93             tbn|query
94             tbn|out
95             tbn|evalue
96             tbn|word_size
97             tbn|gapopen
98             tbn|gapextend
99             tbn|xdrop_ungap
100             tbn|xdrop_gap
101             tbn|xdrop_gap_final
102             tbn|searchsp
103             tbn|db_gencode
104             tbn|frame_shift_penalty
105             tbn|max_intron_length
106             tbn|seg
107             tbn|soft_masking
108             tbn|matrix
109             tbn|threshold
110             tbn|culling_limit
111             tbn|best_hit_overhang
112             tbn|best_hit_score_edge
113             tbn|window_size
114             tbn|query_loc
115             tbn|outfmt
116             tbn|num_descriptions
117             tbn|num_alignments
118             tbn|max_target_seqs
119             tbn|num_threads
120             tbn|comp_based_stats
121             tbn|in_pssm
122             blx|import_search_strategy
123             blx|export_search_strategy
124             blx|db
125             blx|dbsize
126             blx|gilist
127             blx|negative_gilist
128             blx|entrez_query
129             blx|db_soft_mask
130             blx|subject
131             blx|subject_loc
132             blx|query
133             blx|out
134             blx|evalue
135             blx|word_size
136             blx|gapopen
137             blx|gapextend
138             blx|xdrop_ungap
139             blx|xdrop_gap
140             blx|xdrop_gap_final
141             blx|searchsp
142             blx|frame_shift_penalty
143             blx|max_intron_length
144             blx|seg
145             blx|soft_masking
146             blx|matrix
147             blx|threshold
148             blx|culling_limit
149             blx|best_hit_overhang
150             blx|best_hit_score_edge
151             blx|window_size
152             blx|query_loc
153             blx|strand
154             blx|query_gencode
155             blx|outfmt
156             blx|num_descriptions
157             blx|num_alignments
158             blx|max_target_seqs
159             blx|num_threads
160             bln|import_search_strategy
161             bln|export_search_strategy
162             bln|task
163             bln|db
164             bln|dbsize
165             bln|gilist
166             bln|negative_gilist
167             bln|entrez_query
168             bln|db_soft_mask
169             bln|subject
170             bln|subject_loc
171             bln|query
172             bln|out
173             bln|evalue
174             bln|word_size
175             bln|gapopen
176             bln|gapextend
177             bln|perc_identity
178             bln|xdrop_ungap
179             bln|xdrop_gap
180             bln|xdrop_gap_final
181             bln|searchsp
182             bln|penalty
183             bln|reward
184             bln|min_raw_gapped_score
185             bln|template_type
186             bln|template_length
187             bln|dust
188             bln|filtering_db
189             bln|window_masker_taxid
190             bln|window_masker_db
191             bln|soft_masking
192             bln|culling_limit
193             bln|best_hit_overhang
194             bln|best_hit_score_edge
195             bln|window_size
196             bln|use_index
197             bln|index_name
198             bln|query_loc
199             bln|strand
200             bln|outfmt
201             bln|num_descriptions
202             bln|num_alignments
203             bln|max_target_seqs
204             bln|num_threads
205             blp|import_search_strategy
206             blp|export_search_strategy
207             blp|task
208             blp|db
209             blp|dbsize
210             blp|gilist
211             blp|negative_gilist
212             blp|entrez_query
213             blp|db_soft_mask
214             blp|subject
215             blp|subject_loc
216             blp|query
217             blp|out
218             blp|evalue
219             blp|word_size
220             blp|gapopen
221             blp|gapextend
222             blp|xdrop_ungap
223             blp|xdrop_gap
224             blp|xdrop_gap_final
225             blp|searchsp
226             blp|seg
227             blp|soft_masking
228             blp|matrix
229             blp|threshold
230             blp|culling_limit
231             blp|best_hit_overhang
232             blp|best_hit_score_edge
233             blp|window_size
234             blp|query_loc
235             blp|outfmt
236             blp|num_descriptions
237             blp|num_alignments
238             blp|max_target_seqs
239             blp|num_threads
240             blp|comp_based_stats
241             psi|import_search_strategy
242             psi|export_search_strategy
243             psi|db
244             psi|dbsize
245             psi|gilist
246             psi|negative_gilist
247             psi|entrez_query
248             psi|subject
249             psi|subject_loc
250             psi|query
251             psi|out
252             psi|evalue
253             psi|word_size
254             psi|gapopen
255             psi|gapextend
256             psi|xdrop_ungap
257             psi|xdrop_gap
258             psi|xdrop_gap_final
259             psi|searchsp
260             psi|seg
261             psi|soft_masking
262             psi|matrix
263             psi|threshold
264             psi|culling_limit
265             psi|best_hit_overhang
266             psi|best_hit_score_edge
267             psi|window_size
268             psi|query_loc
269             psi|outfmt
270             psi|num_descriptions
271             psi|num_alignments
272             psi|max_target_seqs
273             psi|num_threads
274             psi|comp_based_stats
275             psi|gap_trigger
276             psi|num_iterations
277             psi|out_pssm
278             psi|out_ascii_pssm
279             psi|in_msa
280             psi|in_pssm
281             psi|pseudocount
282             psi|inclusion_ethresh
283             psi|phi_pattern
284             rpst|import_search_strategy
285             rpst|export_search_strategy
286             rpst|db
287             rpst|dbsize
288             rpst|gilist
289             rpst|negative_gilist
290             rpst|entrez_query
291             rpst|query
292             rpst|out
293             rpst|evalue
294             rpst|word_size
295             rpst|xdrop_ungap
296             rpst|xdrop_gap
297             rpst|xdrop_gap_final
298             rpst|searchsp
299             rpst|query_gencode
300             rpst|seg
301             rpst|soft_masking
302             rpst|window_size
303             rpst|query_loc
304             rpst|strand
305             rpst|outfmt
306             rpst|num_descriptions
307             rpst|num_alignments
308             rpst|max_target_seqs
309             rpst|num_threads
310             mak|in
311             mak|dbtype
312             mak|title
313             mak|mask_data
314             mak|out
315             mak|max_file_sz
316             mak|taxid
317             mak|taxid_map
318             mak|logfile
319             dba|gi_file_in
320             dba|gi_file_out
321             dba|db
322             dba|dbtype
323             dba|title
324             dba|gilist
325             dba|out
326             dba|dblist
327             dba|num_volumes
328             dba|logfile
329             tbx|import_search_strategy
330             tbx|export_search_strategy
331             tbx|db
332             tbx|dbsize
333             tbx|gilist
334             tbx|negative_gilist
335             tbx|entrez_query
336             tbx|subject
337             tbx|subject_loc
338             tbx|query
339             tbx|out
340             tbx|evalue
341             tbx|word_size
342             tbx|gapopen
343             tbx|gapextend
344             tbx|xdrop_ungap
345             tbx|xdrop_gap
346             tbx|xdrop_gap_final
347             tbx|searchsp
348             tbx|max_intron_length
349             tbx|seg
350             tbx|soft_masking
351             tbx|matrix
352             tbx|threshold
353             tbx|culling_limit
354             tbx|best_hit_overhang
355             tbx|best_hit_score_edge
356             tbx|window_size
357             tbx|query_loc
358             tbx|strand
359             tbx|query_gencode
360             tbx|db_gencode
361             tbx|outfmt
362             tbx|num_descriptions
363             tbx|num_alignments
364             tbx|max_target_seqs
365             tbx|num_threads
366             dbc|db
367             dbc|dbtype
368             dbc|entry
369             dbc|entry_batch
370             dbc|pig
371             dbc|range
372             dbc|strand
373             dbc|mask_sequence_with
374             dbc|out
375             dbc|outfmt
376             dbc|line_length
377             c2m|in
378             c2m|out
379             c2m|outfmt
380             dms|in
381             dms|out
382             dms|window
383             dms|level
384             dms|linker
385             dms|outfmt
386             sms|in
387             sms|out
388             sms|infmt
389             sms|outfmt
390             sms|window
391             sms|locut
392             sms|hicut
393             wms|ustat
394             wms|in
395             wms|out
396             wms|checkdup
397             wms|window
398             wms|t_extend
399             wms|t_thres
400             wms|t_high
401             wms|t_low
402             wms|set_t_high
403             wms|set_t_low
404             wms|infmt
405             wms|outfmt
406             wms|sformat
407             wms|convert
408             wms|fa_list
409             wms|mem
410             wms|smem
411             wms|unit
412             wms|genome_size
413             wms|dust
414             wms|dust_level
415             wms|exclude_ids
416             wms|ids
417             wms|text_match
418             wms|use_ba
419             );
420              
421             # each elt : pfx|wrapper_switch_name
422             our @program_switches = qw(
423             tbn|h
424             tbn|help
425             tbn|ungapped
426             tbn|lcase_masking
427             tbn|parse_deflines
428             tbn|show_gis
429             tbn|html
430             tbn|remote
431             tbn|use_sw_tback
432             tbn|version
433             blx|h
434             blx|help
435             blx|ungapped
436             blx|lcase_masking
437             blx|parse_deflines
438             blx|show_gis
439             blx|html
440             blx|remote
441             blx|version
442             bln|h
443             bln|help
444             bln|no_greedy
445             bln|ungapped
446             bln|lcase_masking
447             bln|parse_deflines
448             bln|show_gis
449             bln|html
450             bln|remote
451             bln|version
452             blp|h
453             blp|help
454             blp|lcase_masking
455             blp|parse_deflines
456             blp|show_gis
457             blp|html
458             blp|ungapped
459             blp|remote
460             blp|use_sw_tback
461             blp|version
462             psi|h
463             psi|help
464             psi|lcase_masking
465             psi|parse_deflines
466             psi|show_gis
467             psi|html
468             psi|remote
469             psi|use_sw_tback
470             psi|version
471             rpst|h
472             rpst|help
473             rpst|ungapped
474             rpst|lcase_masking
475             rpst|parse_deflines
476             rpst|show_gis
477             rpst|html
478             rpst|remote
479             rpst|version
480             mak|h
481             mak|help
482             mak|parse_seqids
483             mak|hash_index
484             mak|version
485             dba|h
486             dba|help
487             dba|version
488             tbx|h
489             tbx|help
490             tbx|lcase_masking
491             tbx|parse_deflines
492             tbx|show_gis
493             tbx|html
494             tbx|remote
495             tbx|version
496             dbc|h
497             dbc|help
498             dbc|info
499             dbc|target_only
500             dbc|get_dups
501             dbc|ctrl_a
502             dbc|version
503             c2m|h
504             c2m|help
505             c2m|parse_seqids
506             c2m|version
507             dms|h
508             dms|help
509             dms|xmlhelp
510             dms|parse_seqids
511             dms|version-full
512             sms|h
513             sms|help
514             sms|xmlhelp
515             sms|parse_seqids
516             sms|version-full
517             wms|h
518             wms|help
519             wms|xmlhelp
520             wms|parse_seqids
521             wms|version-full
522             wms|mk_counts
523             );
524              
525             #each pair : pfx|wrapper_opt_name => command_line_name (without dashes)
526             # for blast+, the options are all long and mnemonic, so a param translation
527             # isn't required. In CommandExts, a parameter name should be passed through
528             # as-is, if a translation is not found---.
529             our %param_translation = (
530             );
531              
532             our %composite_commands = (
533             );
534              
535             our %command_files = (
536             );
537              
538             1;