File Coverage

lib/Bio/Tradis/Samtools.pm
Criterion Covered Total %
statement 23 39 58.9
branch 2 12 16.6
condition n/a
subroutine 7 8 87.5
pod 0 3 0.0
total 32 62 51.6


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Tradis::Samtools;
2             $Bio::Tradis::Samtools::VERSION = '1.3.3';
3             # ABSTRACT: Change samtools syntax depending on version found
4              
5              
6 2     2   12 use Moose;
  2         4  
  2         15  
7 2     2   13660 use File::Spec;
  2         5  
  2         870  
8              
9             has 'exec' => ( is => 'ro', isa => 'Str', default => 'samtools' );
10             has 'threads' => ( is => 'ro', isa => 'Int', default => 1 );
11             has 'exec_version' => ( is => 'ro', isa => 'Str', lazy => 1, builder => '_build_exec_version' );
12              
13             sub _build_exec_version {
14 2     2   6 my ($self) = @_;
15            
16 2         55 my $fp = $self->find_exe($self->exec);
17 2 50       18 if(!$fp)
18             {
19 2         62 exit("ERROR: Can't find required ".$self->exec." in your \$PATH");
20             }
21 0         0 my $cmd_version = $self->exec." 2>&1 | grep Version";
22 0         0 my ($version_string) = qx($cmd_version);
23            
24 0 0       0 if(defined($version_string))
25             {
26             #Version: 0.1.19-44428cd
27             #Version: 1.2 (using htslib 1.2)
28             # we dont use 3rd number in version so just look for 0.1, 1.2
29 0 0       0 if($version_string =~ /Version:[\t\s]+(\d+)\.(\d+)/)
30             {
31 0         0 return $1.'.'.$2;
32             }
33             else
34             {
35 0         0 print STDERR "ERROR: Couldn't identify samtools version";
36             }
37             }
38             else
39             {
40 0         0 print STDERR "ERROR: Couldn't identify samtools version";
41             }
42             # reasonable fallback
43 0         0 return '0.1';
44             }
45              
46             sub find_exe {
47 2     2 0 11 my ( $self, $bin ) = @_;
48 2         95 for my $dir ( File::Spec->path ) {
49 14         272 my $exe = File::Spec->catfile( $dir, $bin );
50 14 50       190 return $exe if -x $exe;
51             }
52 2         10 return;
53             }
54              
55             sub _is_version_less_than_1 {
56 2     2   6 my ($self) = @_;
57 2 0       70 if($self->exec_version < 1.0)
58             {
59 0         0 return 1;
60             }
61             else
62             {
63 0         0 return 0;
64             }
65             }
66              
67             sub run_sort {
68 2     2 0 8 my ( $self, $input_file, $output_file ) = @_;
69              
70 2         6 my $cmd;
71 2 0       11 if ( $self->_is_version_less_than_1 ) {
72 0           $output_file =~ s/\.bam//i;
73 0           $cmd = join( ' ', ( $self->exec, 'sort', $input_file, $output_file) );
74             }
75             else {
76 0           $cmd = join( ' ', ( $self->exec, 'sort', '-@', $self->threads, '-O', 'bam', '-T', $input_file.'.tmp', '-o', $output_file, $input_file ) );
77             }
78 0           system($cmd);
79             }
80              
81             sub run_index {
82 0     0 0   my ( $self, $input_file ) = @_;
83 0           system( $self->exec . " index $input_file" );
84             }
85              
86 2     2   14 no Moose;
  2         4  
  2         11  
87             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
88              
89             1;
90              
91             __END__
92              
93             =pod
94              
95             =encoding UTF-8
96              
97             =head1 NAME
98              
99             Bio::Tradis::Samtools - Change samtools syntax depending on version found
100              
101             =head1 VERSION
102              
103             version 1.3.3
104              
105             =head1 SYNOPSIS
106              
107             Change samtools syntax depending on version found
108             use Bio::Tradis::Samtools;
109              
110             my $obj = Bio::Tradis::Samtools->new(
111             exec => 'samtools'
112             );
113              
114             $obj->run_sort();
115              
116             =head1 AUTHOR
117              
118             Carla Cummins <path-help@sanger.ac.uk>
119              
120             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
121              
122             This software is Copyright (c) 2013 by Wellcome Trust Sanger Institute.
123              
124             This is free software, licensed under:
125              
126             The GNU General Public License, Version 3, June 2007
127              
128             =cut