File Coverage

blib/lib/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna/GTR.pm
Criterion Covered Total %
statement 10 10 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 4 4 100.0
pod 1 1 100.0
total 15 15 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR;
2 1     1   6 use strict;
  1         1  
  1         25  
3 1     1   4 use warnings;
  1         1  
  1         22  
4 1     1   4 use base 'Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna';
  1         2  
  1         126  
5              
6             =head1 NAME
7              
8             Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR - General Time Reversible model
9              
10             =head1 DESCRIPTION
11              
12             See L<Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna>
13              
14             =head1 METHODS
15              
16             =over
17              
18             =item get_nst
19              
20             Getter for number of transition rate parameters.
21              
22             Type : method
23             Title : get_nst
24             Usage : $model->get_nst;
25             Function: Getter for number of transition rate parameters.
26             Returns : scalar
27             Args : None.
28              
29             =cut
30              
31 1     1 1 2 sub get_nst { 6 }
32              
33             =back
34              
35             =head1 SEE ALSO
36              
37             There is a mailing list at L<https://groups.google.com/forum/#!forum/bio-phylo>
38             for any user or developer questions and discussions.
39              
40             =over
41              
42             =item L<Bio::Phylo::Manual>
43              
44             Also see the manual: L<Bio::Phylo::Manual> and L<http://rutgervos.blogspot.com>.
45              
46             =back
47              
48             =head1 CITATION
49              
50             If you use Bio::Phylo in published research, please cite it:
51              
52             B<Rutger A Vos>, B<Jason Caravas>, B<Klaas Hartmann>, B<Mark A Jensen>
53             and B<Chase Miller>, 2011. Bio::Phylo - phyloinformatic analysis using Perl.
54             I<BMC Bioinformatics> B<12>:63.
55             L<http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-63>
56              
57             =cut
58              
59             1;