File Coverage

blib/lib/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
Criterion Covered Total %
statement 9 9 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 3 3 100.0
pod n/a
total 12 12 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard;
2 13     13   78 use strict;
  13         30  
  13         347  
3 13     13   63 use warnings;
  13         26  
  13         300  
4 13     13   61 use base 'Bio::Phylo::Matrices::Datatype';
  13         25  
  13         2050  
5             our ( $LOOKUP, $MISSING, $GAP );
6              
7             =head1 NAME
8              
9             Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard - Validator subclass,
10             no serviceable parts inside
11              
12             =head1 DESCRIPTION
13              
14             The Bio::Phylo::Matrices::Datatype::* classes are used to validate data
15             contained by L<Bio::Phylo::Matrices::Matrix> and L<Bio::Phylo::Matrices::Datum>
16             objects.
17              
18             =cut
19              
20             # podinherit_insert_token
21              
22             =head1 SEE ALSO
23              
24             There is a mailing list at L<https://groups.google.com/forum/#!forum/bio-phylo>
25             for any user or developer questions and discussions.
26              
27             =over
28              
29             =item L<Bio::Phylo::Matrices::Datatype>
30              
31             This class subclasses L<Bio::Phylo::Matrices::Datatype>.
32              
33             =item L<Bio::Phylo::Manual>
34              
35             Also see the manual: L<Bio::Phylo::Manual> and L<http://rutgervos.blogspot.com>.
36              
37             =back
38              
39             =head1 CITATION
40              
41             If you use Bio::Phylo in published research, please cite it:
42              
43             B<Rutger A Vos>, B<Jason Caravas>, B<Klaas Hartmann>, B<Mark A Jensen>
44             and B<Chase Miller>, 2011. Bio::Phylo - phyloinformatic analysis using Perl.
45             I<BMC Bioinformatics> B<12>:63.
46             L<http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-63>
47              
48             =cut
49              
50             $LOOKUP = {
51             '0' => ['0'],
52             '1' => ['1'],
53             '2' => ['2'],
54             '3' => ['3'],
55             '4' => ['4'],
56             '5' => ['5'],
57             '6' => ['6'],
58             '7' => ['7'],
59             '8' => ['8'],
60             '9' => ['9'],
61             };
62             $MISSING = '?';
63             1;