File Coverage

blib/lib/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm
Criterion Covered Total %
statement 6 6 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 2 2 100.0
pod n/a
total 8 8 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna;
2 1     1   6 use strict;
  1         2  
  1         27  
3 1     1   4 use base 'Bio::Phylo::Matrices::Datatype';
  1         2  
  1         175  
4             our ( $LOOKUP, $MISSING, $GAP );
5              
6             =head1 NAME
7              
8             Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna - Validator subclass,
9             no serviceable parts inside
10              
11             =head1 DESCRIPTION
12              
13             The Bio::Phylo::Matrices::Datatype::* classes are used to validate data
14             contained by L<Bio::Phylo::Matrices::Matrix> and L<Bio::Phylo::Matrices::Datum>
15             objects.
16              
17             =cut
18              
19             # podinherit_insert_token
20              
21             =head1 SEE ALSO
22              
23             There is a mailing list at L<https://groups.google.com/forum/#!forum/bio-phylo>
24             for any user or developer questions and discussions.
25              
26             =over
27              
28             =item L<Bio::Phylo::Matrices::Datatype>
29              
30             This class subclasses L<Bio::Phylo::Matrices::Datatype>.
31              
32             =item L<Bio::Phylo::Manual>
33              
34             Also see the manual: L<Bio::Phylo::Manual> and L<http://rutgervos.blogspot.com>.
35              
36             =back
37              
38             =head1 CITATION
39              
40             If you use Bio::Phylo in published research, please cite it:
41              
42             B<Rutger A Vos>, B<Jason Caravas>, B<Klaas Hartmann>, B<Mark A Jensen>
43             and B<Chase Miller>, 2011. Bio::Phylo - phyloinformatic analysis using Perl.
44             I<BMC Bioinformatics> B<12>:63.
45             L<http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-63>
46              
47             =cut
48              
49             $LOOKUP = {
50             'A' => ['A'],
51             'C' => ['C'],
52             'G' => ['G'],
53             'U' => ['U'],
54             'M' => [ 'A', 'C' ],
55             'R' => [ 'A', 'G' ],
56             'W' => [ 'A', 'U' ],
57             'S' => [ 'C', 'G' ],
58             'Y' => [ 'C', 'U' ],
59             'K' => [ 'G', 'U' ],
60             'V' => [ 'A', 'C', 'G' ],
61             'H' => [ 'A', 'C', 'U' ],
62             'D' => [ 'A', 'G', 'U' ],
63             'B' => [ 'C', 'G', 'U' ],
64             'X' => [ 'G', 'A', 'U', 'C' ],
65             'N' => [ 'G', 'A', 'U', 'C' ],
66             };
67             $MISSING = '?';
68             $GAP = '-';
69             1;