File Coverage

blib/lib/Bio/Phylo/Unparsers/Abstract.pm
Criterion Covered Total %
statement 21 22 95.4
branch 3 4 75.0
condition n/a
subroutine 4 5 80.0
pod n/a
total 28 31 90.3


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Phylo::Unparsers::Abstract;
2 9     9   68 use strict;
  9         23  
  9         277  
3 9     9   50 use base 'Bio::Phylo::IO';
  9         20  
  9         1104  
4 9     9   64 use Bio::Phylo::Util::Logger;
  9         21  
  9         2611  
5             my $logger = Bio::Phylo::Util::Logger->new;
6              
7             =head1 NAME
8              
9             Bio::Phylo::Unparsers::Abstract - Superclass for unparsers used by Bio::Phylo::IO
10              
11             =head1 DESCRIPTION
12              
13             This package is subclassed by all other packages within Bio::Phylo::Unparsers::.*.
14             There is no direct usage.
15              
16             =cut
17              
18 0     0   0 sub _logger { $logger }
19              
20             sub _new {
21 37     37   105 my $class = shift;
22 37         101 my $self = {};
23 37 50       128 if (@_) {
24 37         148 my %opts = @_;
25 37         131 for my $key ( keys %opts ) {
26 97         199 my $localkey = uc $key;
27 97         298 $localkey =~ s/-//;
28 97 100       279 unless ( ref $opts{$key} ) {
29 55         228 $self->{$localkey} = uc $opts{$key};
30             }
31             else {
32 42         146 $self->{$localkey} = $opts{$key};
33             }
34             }
35             }
36 37         113 bless $self, $class;
37 37         125 return $self;
38             }
39              
40             # podinherit_insert_token
41              
42             =head1 SEE ALSO
43              
44             There is a mailing list at L
45             for any user or developer questions and discussions.
46              
47             =over
48              
49             =item L
50              
51             The parsers are called by the L object.
52             Look there for examples.
53              
54             =item L
55              
56             Also see the manual: L and L.
57              
58             =back
59              
60             =head1 CITATION
61              
62             If you use Bio::Phylo in published research, please cite it:
63              
64             B, B, B, B
65             and B, 2011. Bio::Phylo - phyloinformatic analysis using Perl.
66             I B<12>:63.
67             L
68              
69             =cut
70              
71             1;