File Coverage

blib/lib/Bio/Palantir/Refiner/DomainPlus.pm
Criterion Covered Total %
statement 9 9 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 3 3 100.0
pod n/a
total 12 12 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Palantir::Refiner::DomainPlus;
2             # ABSTRACT: Refiner internal class for handling DomainPlus objects
3             $Bio::Palantir::Refiner::DomainPlus::VERSION = '0.200700';
4 1     1   537 use Moose;
  1         2  
  1         5  
5 1     1   5538 use namespace::autoclean;
  1         2  
  1         8  
6              
7 1     1   72 use Data::UUID;
  1         3  
  1         280  
8              
9              
10             # public attributes
11              
12             has 'uui' => (
13             is => 'ro',
14             isa => 'Str',
15             init_arg => undef,
16             default => sub {
17             my $self = shift;
18             my $ug = Data::UUID->new;
19             my $uui = $ug->create_str();
20             return $uui;
21             }
22             );
23              
24             has '_domain' => (
25             is => 'ro',
26             isa => 'Bio::Palantir::Parser::Domain',
27             );
28              
29             has 'coordinates' => (
30             is => 'ro',
31             isa => 'Maybe[ArrayRef]',
32             default => undef,
33             writer => '_set_coordinates',
34             );
35              
36             has $_ => (
37             is => 'ro',
38             isa => 'Maybe[Str]',
39             default => undef,
40             writer => '_set_'. $_,
41             ) for qw(function chemistry phmm_name subtype protein_sequence
42             target_name query_name subtype_evalue subtype_score base_uui monomer);
43              
44             has $_ => (
45             is => 'ro',
46             isa => 'Maybe[Num]',
47             default => undef,
48             writer => '_set_'. $_,
49             ) for qw(rank begin end size tlen qlen evalue score ali_from ali_to hmm_from
50             hmm_to);
51              
52             with 'Bio::Palantir::Roles::Domainable';
53              
54             # public methods
55              
56              
57             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
58             1;
59              
60             __END__
61              
62             =pod
63              
64             =head1 NAME
65              
66             Bio::Palantir::Refiner::DomainPlus - Refiner internal class for handling DomainPlus objects
67              
68             =head1 VERSION
69              
70             version 0.200700
71              
72             =head1 SYNOPSIS
73              
74             # TODO
75              
76             =head1 DESCRIPTION
77              
78             # TODO
79              
80             =head1 AUTHOR
81              
82             Loic MEUNIER <lmeunier@uliege.be>
83              
84             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
85              
86             This software is copyright (c) 2019 by University of Liege / Unit of Eukaryotic Phylogenomics / Loic MEUNIER and Denis BAURAIN.
87              
88             This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
89             the same terms as the Perl 5 programming language system itself.
90              
91             =cut