File Coverage

blib/lib/Bio/MUST/Drivers/Hmmer/Model/Database.pm
Criterion Covered Total %
statement 18 24 75.0
branch 0 2 0.0
condition n/a
subroutine 6 8 75.0
pod 0 1 0.0
total 24 35 68.5


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::MUST::Drivers::Hmmer::Model::Database;
2             # ABSTRACT: Internal class for HMMER3 driver
3             # CONTRIBUTOR: Loic MEUNIER <loic.meunier@doct.uliege.be>
4             $Bio::MUST::Drivers::Hmmer::Model::Database::VERSION = '0.210160';
5 5     5   48 use Moose;
  5         17  
  5         53  
6 5     5   37749 use namespace::autoclean;
  5         15  
  5         60  
7              
8 5     5   613 use autodie;
  5         22  
  5         55  
9 5     5   29008 use feature qw(say);
  5         13  
  5         542  
10              
11             # use Smart::Comments;
12              
13 5     5   65 use Carp;
  5         13  
  5         442  
14 5     5   41 use List::AllUtils;
  5         19  
  5         1312  
15              
16             extends 'Bio::FastParsers::Base';
17              
18             with 'Bio::MUST::Drivers::Roles::Hmmerable' => {
19             -excludes => [ qw(search emit) ]
20             };
21              
22              
23             sub BUILD {
24 0     0 0   my $self = shift;
25              
26             # check for existence of HMMER database
27 0           my $basename = $self->filename;
28 0 0   0     unless ( List::AllUtils::all { -e "$basename.h3$_" } qw(f i m p) ) {
  0            
29 0           croak "[BMD] Error: HMMER database not found at $basename; aborting!";
30             }
31              
32 0           return;
33             }
34              
35             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
36             1;
37              
38             __END__
39              
40             =pod
41              
42             =head1 NAME
43              
44             Bio::MUST::Drivers::Hmmer::Model::Database - Internal class for HMMER3 driver
45              
46             =head1 VERSION
47              
48             version 0.210160
49              
50             =head1 SYNOPSIS
51              
52             # TODO
53              
54             =head1 DESCRIPTION
55              
56             # TODO
57              
58             =head1 AUTHOR
59              
60             Denis BAURAIN <denis.baurain@uliege.be>
61              
62             =head1 CONTRIBUTOR
63              
64             =for stopwords Loic MEUNIER
65              
66             Loic MEUNIER <loic.meunier@doct.uliege.be>
67              
68             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
69              
70             This software is copyright (c) 2013 by University of Liege / Unit of Eukaryotic Phylogenomics / Denis BAURAIN.
71              
72             This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
73             the same terms as the Perl 5 programming language system itself.
74              
75             =cut