File Coverage

blib/lib/Bio/MUST/Drivers/Roles/Hmmerable.pm
Criterion Covered Total %
statement 33 76 43.4
branch 0 14 0.0
condition 0 7 0.0
subroutine 11 15 73.3
pod 0 3 0.0
total 44 115 38.2


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::MUST::Drivers::Roles::Hmmerable;
2             # ABSTRACT: HMMER model-related methods
3             # CONTRIBUTOR: Arnaud DI FRANCO <arnaud.difranco@gmail.com>
4             $Bio::MUST::Drivers::Roles::Hmmerable::VERSION = '0.191910';
5 5     5   3961 use Moose::Role;
  5         15  
  5         207  
6              
7 5     5   30809 use autodie;
  5         11  
  5         48  
8 5     5   28610 use feature qw(say);
  5         14  
  5         463  
9              
10             # use Smart::Comments;
11              
12 5     5   49 use Carp;
  5         12  
  5         422  
13 5     5   38 use File::Temp;
  5         12  
  5         462  
14 5     5   41 use IPC::System::Simple qw(system);
  5         171  
  5         367  
15 5     5   36 use Module::Runtime qw(use_module);
  5         11  
  5         44  
16              
17 5     5   2600 use Bio::FastParsers;
  5         3278283  
  5         225  
18 5     5   43 use aliased 'Bio::MUST::Core::Ali::Stash';
  5         12  
  5         47  
19              
20 5     5   1221 use Bio::MUST::Drivers::Utils qw(stringify_args);
  5         13  
  5         3736  
21              
22              
23             sub scan { ## no critic (RequireArgUnpacking)
24 0     0 0   return shift->_search('hmmscan', @_);
25             }
26              
27             sub search { ## no critic (RequireArgUnpacking)
28 0     0 0   return shift->_search('hmmsearch', @_);
29             }
30              
31             sub _search {
32 0     0     my $self = shift;
33 0           my $pgm = shift;
34 0           my $target = shift;
35 0   0       my $args = shift // {};
36              
37             # provision executable
38 0           my $app = use_module('Bio::MUST::Provision::Hmmer')->new;
39 0           $app->meet();
40              
41             # setup input/output files
42             # Note: we handle both single models and model database...
43             # ... as well as plain target filenames in addition to Ali-like objects
44 0 0         my $model = $self->can('model') ? $self->model->filename : $self->filename;
45 0 0         my $in = $target->can('filename') ? $target->filename : $target;
46 0           my $out = File::Temp->new(UNLINK => 0, EXLOCK => 0, SUFFIX => ".$pgm");
47              
48             # setup output file format and parser subclass
49 0           my $parser_class;
50 0 0 0       if (exists $args->{'--domtblout'} || $pgm eq 'hmmscan') {
    0          
51 0           $args->{'--domtblout'} = $out->filename;
52 0           $parser_class = 'Bio::FastParsers::Hmmer::DomTable';
53             }
54             elsif (exists $args->{'--tblout'} ) {
55 0           $args->{'--tblout'} = $out->filename;
56 0           $parser_class = 'Bio::FastParsers::Hmmer::Table';
57             }
58             else {
59 0           $args->{'--notextw'} = undef;
60 0           $args->{'-o'} = $out->filename;
61 0           $parser_class = 'Bio::FastParsers::Hmmer::Standard';
62             }
63 0 0         unless ($parser_class) {
64 0           carp '[BMD] Warning: cannot set parser subclass;'
65             . ' returning without parser!';
66 0           return;
67             }
68              
69             # create HMMER command
70 0           my $args_str = stringify_args($args);
71 0           my $cmd = "$pgm $args_str $model $in > /dev/null 2> /dev/null";
72             #### $cmd
73              
74             # try to robustly execute HMMER
75 0           my $ret_code = system( [ 0, 127 ], $cmd);
76 0 0         if ($ret_code == 127) {
77 0           carp "[BMD] Warning: cannot execute $pgm command;"
78             . ' returning without parser!';
79 0           return;
80             }
81              
82 0           return $parser_class->new( file => $out->filename );
83             }
84              
85             sub emit {
86 0     0 0   my $self = shift;
87 0   0       my $args = shift // { '-C' => undef };
88              
89             # setup input/output files (outfile will be automatically unlinked)
90 0           my $model = $self->model->filename;
91 0           my $out = File::Temp->new(UNLINK => 1, EXLOCK => 0);
92             # TODO: check if lifespan of $out temp file long enough for loading
93              
94             # create hmmemit command
95 0           $args->{'-o'} = $out;
96 0           my $args_str = stringify_args($args);
97 0           my $pgm = 'hmmemit';
98 0           my $cmd = "$pgm $args_str $model > /dev/null 2> /dev/null";
99             # hmmemit -C -o hmmconsensus_GNTPAN12210.fasta test_emitGNT.hmm
100             #### $cmd
101              
102             # try to robustly execute hmmemit
103 0           my $ret_code = system( [ 0, 127 ], $cmd);
104 0 0         if ($ret_code == 127) {
105 0           carp "[BMD] Warning: cannot execute $pgm command;"
106             . ' returning without seqs!';
107 0           return;
108             }
109              
110 0           return Stash->load( $out->filename );
111             }
112              
113 5     5   45 no Moose::Role;
  5         10  
  5         49  
114             1;
115              
116             __END__
117              
118             =pod
119              
120             =head1 NAME
121              
122             Bio::MUST::Drivers::Roles::Hmmerable - HMMER model-related methods
123              
124             =head1 VERSION
125              
126             version 0.191910
127              
128             =head1 SYNOPSIS
129              
130             # TODO
131              
132             =head1 DESCRIPTION
133              
134             # TODO
135              
136             =head1 AUTHOR
137              
138             Denis BAURAIN <denis.baurain@uliege.be>
139              
140             =head1 CONTRIBUTOR
141              
142             =for stopwords Arnaud DI FRANCO
143              
144             Arnaud DI FRANCO <arnaud.difranco@gmail.com>
145              
146             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
147              
148             This software is copyright (c) 2013 by University of Liege / Unit of Eukaryotic Phylogenomics / Denis BAURAIN.
149              
150             This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
151             the same terms as the Perl 5 programming language system itself.
152              
153             =cut