File Coverage

blib/lib/Bio/MUST/Drivers/Blast/Database/Temporary.pm
Criterion Covered Total %
statement 24 43 55.8
branch 0 4 0.0
condition n/a
subroutine 8 11 72.7
pod 0 3 0.0
total 32 61 52.4


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::MUST::Drivers::Blast::Database::Temporary;
2             # ABSTRACT: Internal class for BLAST driver
3             $Bio::MUST::Drivers::Blast::Database::Temporary::VERSION = '0.191910';
4 5     5   41 use Moose;
  5         13  
  5         49  
5 5     5   37535 use namespace::autoclean;
  5         13  
  5         59  
6              
7 5     5   545 use autodie;
  5         12  
  5         74  
8 5     5   29097 use feature qw(say);
  5         20  
  5         488  
9              
10 5     5   38 use Carp;
  5         12  
  5         428  
11 5     5   37 use IPC::System::Simple qw(system);
  5         11  
  5         321  
12 5     5   37 use Module::Runtime qw(use_module);
  5         13  
  5         43  
13 5     5   416 use Path::Class qw(file);
  5         10  
  5         2211  
14              
15             extends 'Bio::MUST::Core::Ali::Temporary';
16              
17             with 'Bio::MUST::Drivers::Roles::Blastable';
18              
19              
20             # overload equivalent attribute in plain Database
21             sub remote {
22 0     0 0   return 0;
23             }
24              
25             sub BUILD {
26 0     0 0   my $self = shift;
27              
28             # provision executable
29 0           my $app = use_module('Bio::MUST::Provision::Blast')->new;
30 0           $app->meet();
31              
32 0           my $in = $self->filename;
33 0           my $dbtype = $self->type;
34              
35             # create makeblastdb command
36 0           my $pgm = file($ENV{BMD_BLAST_BINDIR}, 'makeblastdb');
37 0           my $cmd = "$pgm -in $in -dbtype $dbtype > /dev/null 2> /dev/null";
38              
39             # try to robustly execute makeblastdb
40 0           my $ret_code = system( [ 0, 127 ], $cmd);
41 0 0         if ($ret_code == 127) {
42             # TODO: do something to abort construction
43 0           carp "[BMD] Warning: cannot execute $pgm command; returning!";
44 0           return;
45             }
46              
47 0           return;
48             }
49              
50             sub DEMOLISH {
51 0     0 0   my $self = shift;
52              
53             # unlink temp files
54 0           my $basename = $self->filename;
55 0 0         my @suffices = $self->type eq 'prot' ? qw(phr pin psq) : qw(nhr nin nsq);
56 0           file($_)->remove for map { "$basename.$_" } @suffices;
  0            
57              
58 0           return;
59             }
60              
61             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
62             1;
63              
64             __END__
65              
66             =pod
67              
68             =head1 NAME
69              
70             Bio::MUST::Drivers::Blast::Database::Temporary - Internal class for BLAST driver
71              
72             =head1 VERSION
73              
74             version 0.191910
75              
76             =head1 SYNOPSIS
77              
78             # TODO
79              
80             =head1 DESCRIPTION
81              
82             # TODO
83              
84             =head1 AUTHOR
85              
86             Denis BAURAIN <denis.baurain@uliege.be>
87              
88             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
89              
90             This software is copyright (c) 2013 by University of Liege / Unit of Eukaryotic Phylogenomics / Denis BAURAIN.
91              
92             This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
93             the same terms as the Perl 5 programming language system itself.
94              
95             =cut