File Coverage

blib/lib/Bio/MUST/Core/SeqId.pm
Criterion Covered Total %
statement 152 153 99.3
branch 45 46 97.8
condition 3 8 37.5
subroutine 21 21 100.0
pod 7 8 87.5
total 228 236 96.6


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::MUST::Core::SeqId;
2             # ABSTRACT: Modern and legacy MUST-compliant sequence id
3             # CONTRIBUTOR: Mick VAN VLIERBERGHE <mvanvlierberghe@doct.uliege.be>
4             $Bio::MUST::Core::SeqId::VERSION = '0.212670';
5 17     17   9220 use Moose;
  17         3162521  
  17         121  
6 17     17   102301 use namespace::autoclean;
  17         139050  
  17         73  
7              
8             # AUTOGENERATED CODE! DO NOT MODIFY THIS FILE!
9              
10 17     17   1439 use autodie;
  17         45  
  17         157  
11 17     17   92208 use feature qw(say);
  17         67  
  17         1938  
12              
13 17     17   9906 use Smart::Comments;
  17         310176  
  17         110  
14              
15 17     17   2580509 use Carp;
  17         281  
  17         1521  
16 17     17   8794 use Const::Fast;
  17         17954  
  17         127  
17              
18 17     17   1298 use Bio::MUST::Core::Types;
  17         67  
  17         574  
19 17     17   8161 use Bio::MUST::Core::Constants qw(:ncbi :seqids);
  17         66  
  17         14067  
20              
21              
22             has 'full_id' => (
23             is => 'ro',
24             isa => 'Str',
25             required => 1,
26             writer => '_set_full_id',
27             );
28              
29              
30             has 'is_' . $_ => (
31             traits => ['Bool'],
32             is => 'ro',
33             isa => 'Bool',
34             init_arg => undef,
35             default => 0,
36             handles => {
37             '_set_' . $_ => 'set',
38             },
39             ) for qw(foreign new);
40              
41              
42             has $_ => (
43             is => 'ro',
44             isa => 'Maybe[Str]',
45             init_arg => undef,
46             default => undef,
47             writer => '_set_' . $_,
48             ) for qw(family tag genus species strain accession tail
49             taxon_id gca gca_novers gca_vers gca_prefix gca_number
50             gi database identifier);
51              
52              
53             # array of parts from NCBI FASTA-style GNL ids
54             # Note: all_parts accessor returns an empty list if undef
55             has 'parts' => (
56             traits => ['Array'],
57             is => 'ro',
58             isa => 'ArrayRef[Str]',
59             init_arg => undef,
60             default => sub { [] },
61             writer => '_set_parts',
62             handles => {
63             count_parts => 'count',
64             all_parts => 'elements',
65             get_part => 'get',
66             },
67             );
68              
69             # file-scope constants
70              
71             # regexes for full_id (legacy and new) components
72             const my $FAMILY => qr{ # underscore allowed
73             [^\-\s@\#]+? # single word without dash, space, '@', '#'
74             }xms;
75              
76             const my $TAG => qr{
77             [a-z]{1,6} # 1-6 letter(s) (lowercase)
78             }xms;
79              
80             # TODO: add accessor methods to analyse this
81             # this is feasible with a switch table with regexes to generate methods
82             # return 0/1/undef
83              
84             # list of standard tags:
85             # c: contaminant
86             # d: divergent
87             # u: unknown taxonomy
88             # cpcpt [cp]: plastid-encoded-plastid-targeted
89             # nucpt: nuclear-encoded-and-plastid-targeted
90             # nuppct: nuclear-encoded-periplastid-compartment-targeted
91             # nm: nucleomorph-encoded
92             # mt: mitochondrion-encoded
93              
94             const my $GENUS => qr{ # underscore and dash allowed
95             [^\s@]+? # single word without space, '@'
96             }xms;
97              
98             const my $SPECIES => qr{ # dash allowed
99             [^_\s@]+? # single word without underscore, space, '@'
100             }xms;
101              
102             const my $STRAIN => qr{ # as genus
103             $GENUS
104             }xms;
105              
106             const my $ACCESSION => qr{
107             $GENUS # as genus
108             }xms;
109              
110             const my $TAIL => qr{
111             $GENUS # as genus
112             }xms;
113              
114             # regex for parsing (valid) full_id
115             const my $FULL_ID => qr{
116             \A # begins with...
117             (?: ($FAMILY) # optional family
118             - )? # followed by a literal dash (-)
119             (?: ($TAG) # optional tag
120             \# )? # followed by a literal number sign (#)
121             ($GENUS) # genus
122             \s+ # whitespace
123             ($SPECIES) # species
124             (?: _ # optional literal underscore (_)
125             ($STRAIN) )? # followed by strain
126             @ # literal at sign (@)
127             ($ACCESSION) # accession
128             (?: \.{3} # optional literal ellipsis (...)
129             ($TAIL) )? # followed by a single-word tail
130             ($NEW_TAG)? # optional #NEW# tag
131             \z # ... at the end
132             }xms;
133              
134             # species regex for genus-only ids
135             const my $GENUSONLY => qr{
136             \A # nothing before!
137             (?:
138             sspp | ssp | spp | sp # either species (sp), species pluralis (spp),
139             ) # subspecies (ssp) or subspecies pluralis (sspp)
140             \.? # optionally followed by a dot
141             \z # and nothing after!
142             }xms;
143              
144             # tag regex for doubtful organisms (from a taxonomic POV)
145             const my $DOUBTFUL => qr{
146             \A
147             [cdu]
148             \z
149             }xms;
150              
151             # regex for parsing taxonomy-enabled abbreviated ids
152             const my $TAXABBR_ID => qr{
153             \A # begins with...
154             ($NCBIPKEY|$NCBIGCA) # NCBI primary key (= taxid) or NCBI GCA/GCF
155             \| # literal pipe sign (|)
156             ($ACCESSION) # accession
157             \z # ... at the end
158             }xms;
159              
160             # regex for parsing NCBI FASTA-style GI ids
161             # TODO: merge with $GI_ID in Constants?
162             # TODO: improve handling of partial ids (e.g., gi|404160475| would fail)
163             const my $NCBIGI_ID => qr{
164             \A # begins with...
165             gi # literal 'gi'
166             \| # literal pipe sign (|)
167             ($NCBIPKEY) # NCBI primary key (= GI number)
168             (?: \| # optional literal pipe sign (|)
169             $NCBIDBABBR # followed by NCBI database abbr (not captured)
170             \| # then literal pipe sign (|)
171             ($NCBIACC) ) ? # then NCBI accession
172             # no end anchor to allow for additional stuff
173             }xms;
174              
175             # regex for parsing NCBI FASTA-style GNL ids
176             # TODO: merge with $GNL_ID in Constants?
177             # Note: this regex actually returns the full_id for subsequent splitting
178             const my $NCBIGNL_ID => qr{
179             \A # begins with...
180             (gnl # literal 'gnl'
181             (?: \| # literal pipe sign (|)
182             $NCBIPART) # NCBI part (very accommodating)
183             {2,} ) # at least twice but allowing for more
184             }xms;
185              
186 0         0 BEGIN{
187              
188 17     17   184 no warnings "qw";
  17         57  
  17         75689  
189              
190             # static lists of hyphenated genera and underscored species
191             # Note: in BEGIN block because the hash must be built before any call to BUILD
192              
193 17     17   632 const my @GENERA => qw(
194             1,4-dioxane-degrading
195             1-butene
196             1-hexene
197             16SrXXII-A
198             16SrXXII-B
199             2,3-D
200             2,4-D
201             2,4-D-degrading
202             229E-related
203             4-nitrophenol
204             A-2
205             acetamiprid-degrading
206             Activation-tagging
207             Adeno-associated
208             Adeno-Associated
209             Aids-associated
210             alk-system
211             Altai-like
212             Amalga-like
213             ammonia-oxidizing
214             aniline-degrading
215             ANME-1
216             ANME-2
217             ANMV-1
218             Anopheline-associated
219             antibiotic-resistant
220             antimony-reducing
221             Apple-associated
222             Araraquara-like
223             Argemone-Cactus
224             Arrabida-like
225             arsenate-reducing
226             arsenic-metabolizing
227             arsenic-oxidizing
228             arsenite-oxidising
229             arsenite-oxidizing
230             Arthrobacter-like
231             ARV-138
232             ARV-176
233             ASFV-like
234             Avian-like
235             Avon-Heathcote
236             Aydin-like
237             B-lymphotropic
238             Bacteroides-like
239             Banna-like
240             Barkedji-like
241             Bas-Congo
242             Bastrovirus-like_virus/VietNam/Bat/17819_21
243             BD1-11
244             BD1-7
245             BD2-11
246             Bean-associated
247             Bean-pod
248             Bear-associated
249             Begomovirus-associated
250             Bemisia-associated
251             benzene-decomposing
252             benzene-degrading
253             benzoapyrene-degrading
254             Benzoyl-CoA
255             beta-symbiont
256             Bi-allelically
257             Bi-directional
258             Bi-molecular
259             Bidnavirus-like
260             biocide-degrading
261             biphenthrin-degrading
262             biphenyl-degrading
263             Birds-foot
264             Black-and-white
265             Black-eyed
266             Black-headed
267             Blackcurrant-associated
268             Bo-Circo-like
269             Bombus-associated
270             Bos-associated
271             Bovine-like
272             Broad-leafed
273             bromate-reducing
274             bromoform-metabolizing
275             Bromus-associated
276             Bronnoya-like
277             BTEX-degrading
278             BtMd-BetaCoV/HuB2013
279             BtMf-AlphaCoV/AH2011
280             BtMf-AlphaCoV/FJ2012
281             BtMf-AlphaCoV/GD2012
282             BtMf-AlphaCoV/GD2012-a
283             BtMf-AlphaCoV/GD2012-b
284             BtMf-AlphaCoV/HeN2013
285             BtMf-AlphaCoV/HeN2013-a
286             BtMf-AlphaCoV/HeN2013-b
287             BtMf-AlphaCoV/HuB2013
288             BtMf-AlphaCoV/HuB2013-a
289             BtMf-AlphaCoV/JX2012
290             BtMr-AlphaCoV/SAX2011
291             BtNv-AlphaCoV/SC2013
292             BtPa-BetaCoV/GD2013
293             BtRf-AlphaCoV/HuB2013
294             BtRf-AlphaCoV/YN2012
295             BtRf-BetaCoV/HeB2013
296             BtRf-BetaCoV/HeN2013
297             BtRf-BetaCoV/HuB2013
298             BtRf-BetaCoV/JL2012
299             BtRf-BetaCoV/SX2013
300             BtRs-BetaCoV/GX2013
301             BtRs-BetaCoV/HuB2013
302             BtRs-BetaCoV/YN2013
303             BtTp-BetaCoV/GX2012
304             BtVs-BetaCoV/SC2013
305             bubaline-associated
306             Bufavirus-1
307             Bufavirus-2
308             Bufavirus-3
309             Bunya-like
310             Burke-Gilman
311             butyrate-producing
312             Buxtonella-like
313             C-terminal
314             C.glutamicum-E.coli
315             Cachavirus-1A
316             Cachavirus-1B
317             Cafeteriavirus-dependent
318             Calf-giraffe
319             Calhevirus-2a
320             Calhevirus-2b
321             Camellia-associated
322             Campylobacter-like
323             carbazole-degrading
324             Carpediemonas-like
325             carrageenase-producing
326             Cas-Br-E
327             Cas-NS-1
328             CASV-2
329             CAT-levansucrase
330             Catch-me-cave
331             CBA120-like
332             Cell-free
333             Ceratium-like
334             CFB-group
335             chain-forming
336             Chaq-like
337             Chiba-040502
338             chlamydia-associated
339             Chlorante-Aster
340             Chlorella-like
341             chloromethane-metabolizing
342             chlortetracycline-resistant
343             Choricystis-like
344             Chryso-hypnum
345             Chrysovirus-like
346             cilia-associated
347             Circo-like
348             Circovirus-like
349             Citrus-associated
350             Clavibacter-like
351             Clostridium-like
352             Co-expression
353             Co-reporter
354             Colwellia-like
355             Corn-reddening
356             Corynebacterium-like
357             COS-degrading
358             Cotton-top
359             Counter-selectable
360             Cowpox-Vaccinia
361             Coxiella-like
362             Cr(VI)-reducing
363             Crane-associated
364             crAss-like
365             CrAss-like
366             Cre-expression
367             Cre-lox
368             Crimean-Congo
369             CRISPR-cas9
370             CRISPR-mediated
371             Crow-dipper
372             Crucivirus-102
373             Crucivirus-111
374             Crucivirus-112
375             Crucivirus-113
376             Crucivirus-119
377             Crucivirus-122
378             Crucivirus-124
379             Crucivirus-133
380             Crucivirus-141
381             Crucivirus-146
382             Crucivirus-147
383             Crucivirus-148
384             Crucivirus-152
385             Crucivirus-158
386             Crucivirus-163
387             Crucivirus-168
388             Crucivirus-170
389             Crucivirus-174
390             Crucivirus-175
391             Crucivirus-182
392             Crucivirus-183
393             Crucivirus-184
394             Crucivirus-190
395             Crucivirus-195
396             Crucivirus-204
397             Crucivirus-205
398             Crucivirus-207
399             Crucivirus-211
400             Crucivirus-212
401             Crucivirus-224
402             Crucivirus-234
403             Crucivirus-241
404             Crucivirus-243
405             Crucivirus-245
406             Crucivirus-250
407             Crucivirus-251
408             Crucivirus-255
409             Crucivirus-264
410             Crucivirus-265
411             Crucivirus-266
412             Crucivirus-272
413             Crucivirus-275
414             Crucivirus-276
415             Crucivirus-277
416             Crucivirus-278
417             Crucivirus-281
418             Crucivirus-282
419             Crucivirus-291
420             Crucivirus-293
421             Crucivirus-295
422             Crucivirus-298
423             Crucivirus-304
424             Crucivirus-305
425             Crucivirus-306
426             Crucivirus-309
427             Crucivirus-310
428             Crucivirus-311
429             Crucivirus-312
430             Crucivirus-322
431             Crucivirus-323
432             Crucivirus-324
433             Crucivirus-326
434             Crucivirus-339
435             Crucivirus-340
436             Crucivirus-345
437             Crucivirus-349
438             Crucivirus-350
439             Crucivirus-353
440             Crucivirus-359
441             Crucivirus-362
442             Crucivirus-364
443             Crucivirus-371
444             Crucivirus-372
445             Crucivirus-373
446             Crucivirus-380
447             Crucivirus-384
448             Crucivirus-387
449             Crucivirus-389
450             Crucivirus-392
451             Crucivirus-402
452             Crucivirus-406
453             Crucivirus-407
454             Crucivirus-409
455             Crucivirus-410
456             Crucivirus-411
457             Crucivirus-416
458             Crucivirus-419
459             Crucivirus-427
460             Crucivirus-429
461             Crucivirus-432
462             Crucivirus-438
463             Crucivirus-453
464             Crucivirus-454
465             Crucivirus-455
466             Crucivirus-456
467             Crucivirus-458
468             Crucivirus-468
469             Crucivirus-472
470             Crucivirus-474
471             Crucivirus-475
472             Crucivirus-479
473             Crucivirus-480
474             Crucivirus-482
475             Crucivirus-483
476             Crucivirus-495
477             Crucivirus-497
478             Crucivirus-499
479             Crucivirus-501
480             Crucivirus-505
481             Crucivirus-506
482             Crucivirus-509
483             Crucivirus-513
484             Crucivirus-514
485             Crucivirus-520
486             Crucivirus-523
487             Crucivirus-527
488             Crucivirus-528
489             Crucivirus-530
490             Crucivirus-534
491             Crucivirus-536
492             Crucivirus-538
493             Crucivirus-539
494             Crucivirus-540
495             Crucivirus-81
496             Crucivirus-88
497             Crucivirus-93
498             Crucivirus-94
499             Crucivirus-97
500             Crucivirus-99
501             Crucivirus-like
502             Cryphonectria-Endothia
503             Cryptaulaxoides-like
504             Ctenophore-associated
505             Culex-associated
506             Culicine-associated
507             cyanobacteria-associated
508             Cyrto-hypnum
509             Cysteine-free
510             Cytophaga-like
511             DCM-degrading
512             Deep-sea
513             deep-sea
514             Deinococcus-like
515             Deinococcus-Thermus
516             Dendro-hypnum
517             Dermatophilus-like
518             DG-75
519             dibenzofuran-degrading
520             dichloromethane-degrading
521             Dietzia-Escherichia
522             Dimorpha-like
523             Diporeia-associated
524             DMSP-degrading
525             DNA-binding
526             Dobrava-Belgrade
527             Dragonfly-associated
528             Drosophila-associated
529             DSMP-degrading
530             Dual-tagging
531             Duck-associated
532             Duck-dominant
533             dye-degrading
534             EDTA-degrading
535             Ehrlichia-like
536             EIAV-based
537             Endornavirus-like
538             Entamoeba-associated
539             Epomophorini-Myonycterini
540             Epstein-barr
541             Erythrobacter-like
542             Escherichia-Pseudomonas
543             estrogen-degrading
544             ethanol-producing
545             EX-H1
546             F-11
547             Faecal-associated
548             FCV-like
549             Fe(III)-reducing
550             Fe-oxidizing
551             fenpropathrin-degrading
552             fenthion-degrading
553             Fermo-like
554             Fesa-like
555             Fibropapilloma-associated
556             Finkel-Biskis-Jinkins
557             Fisa-like
558             FLAG-tagging
559             Flavi-like
560             Flavobacterium-like
561             Flexibacter-like
562             Flexistipes-like
563             Flying-fox
564             Fonticula-like
565             Food-grade
566             Foot-and-mouth
567             Francisella-like
568             FRT-Tp-FRT
569             furfural-degrading
570             gamma-symbiont
571             Ganwon-do
572             Gardner-Arnstein
573             GBV-A-like
574             Gemmata-like
575             Gene-editing
576             Gene-trap
577             Gene-trapping
578             Giardia-associated
579             Gill-associated
580             Ginkgoaceae-associated
581             Glaucous-winged
582             Glaucus-gull
583             Gluconacetobacter-like
584             glycerol-degrading
585             GO-respiring
586             Golden-headed
587             Gonad-specific
588             Goose-dominant
589             Gordonia-like
590             Gram-negative
591             Gram-positive
592             Grapevine-associated
593             Grass-Cactus
594             Gray-bellied
595             Gyrovirus-like
596             H-1
597             H-Pelican
598             H-Stinger
599             H2/CO2-metabolizing
600             Hantaan-like
601             Hardy-Zuckerman
602             Haruka-associated
603             HCV/GBV-B
604             Hedyotis-Oldenlandia
605             Helper-independent
606             Hemibarbus-Squalidus
607             HERV-H/env59
608             HERV-H/env60
609             HERV-H/env62
610             Hibiscus-infecting
611             Himar1-delivery
612             his-3
613             HIV-1
614             HIV-2
615             HIV-2.D205
616             HIV-like
617             HMWdDNA-degrading
618             Hom-1
619             HPIV-1
620             HSV-tk-containing
621             HTLV-1
622             HTLV-3
623             Humaita-Tubiacanga
624             Hump-back
625             Husa-like
626             HVAC-associated
627             hydrocarbon-degrading
628             hydrogen-producing
629             Hyphomicrobium-like
630             Ichthyobodo-related
631             IncP-1
632             IncP-1beta
633             IncQ-like
634             Insect-associated
635             iodate-reducing
636             iodide-accumulating
637             iodide-oxidizing
638             IRE/CTVM19-associated
639             iron-reducing
640             Isosphaera-like
641             Issyk-kul
642             Issyk-Kul
643             J-virus
644             Janibacter-like
645             jellyfish-degrading
646             Jiangxi12-B14
647             Jodiemicrovirus-1
648             Johnson-sea-linkia
649             Juquitiba-like
650             K139-like
651             Kineococcus-like
652             Knock-in
653             Korle-bu
654             LANV-2
655             Large-insert
656             Leafhopper-borne
657             Legionella-like
658             Leguminosae-associated
659             Leptotrichia-like
660             lignocellulose-degrading
661             LMWdDNA-degrading
662             Long-fingered
663             long-tailed
664             LPP-group
665             Luna-1
666             Luna-2
667             lung-eye-trachea
668             Lupinus-Cactus
669             Maedi-Visna-related
670             magnetite-containing
671             magneto-ovoid
672             Magpie-robin
673             Maize-associated
674             male-killer
675             male-killing
676             manganese-oxidation
677             manganese-oxidizing
678             Marinobacter-like
679             Mason-Pfizer
680             Massilia-like
681             MAST-4
682             Maus-Elberfeld
683             Maverick-related
684             MCG-1
685             MCG-15
686             MCG-6
687             Meaban-like
688             Melon-headed
689             mercury-resistant
690             Merida-like
691             metal-contaminated
692             methane-oxidizing
693             methane-seep
694             methylotroph-related
695             Metopion-like
696             Mimivirus-dependent
697             mini-chromosome
698             mini-Tn5*7-lux
699             Mini-Tn7
700             Mint-like
701             Mirim-like
702             Mito-like
703             MLV-like
704             MLV-related
705             MMTV-luciferase
706             monochloroacetic-acid-degrading
707             Mononegavirus-like
708             mosquito-borne
709             mouse-rat
710             Mu-like
711             Multi-host
712             Multi-promoter
713             Murine-associated
714             Murray-Darling
715             Mx-Lox
716             Mycobacteria-E.coli
717             N-peptide-mCherry
718             N-terminal
719             N-tropic
720             Nanovirus-like
721             naphthalene-degrading
722             naphthalene-utilizing
723             narna-like
724             Nebraska-like
725             Negelike-virus
726             Negev-like
727             Neo-uvaria
728             NFAT-DsRed
729             nitrite-oxidizing
730             nitrogen-fixing
731             Nivun-Haamir
732             NL63-related
733             Non-A,
734             non-culturable
735             Non-geniculate
736             Non-human
737             non-mammal
738             Non-primate
739             non-primate
740             Norovirus/GII.4/1993-6/UK
741             Norovirus/Hu/GII.2/V1/09/18-Jan-2009/Slovenia
742             Norovirus/Hu/GII.4/1732/07/07-Jun-2007/Slovenia
743             Norovirus/Hu/GII.4/1991/07/26-Jun-2007/Slovenia
744             Norovirus/Hu/GII.4/220/10/28-Jan-2010/Slovenia
745             Norovirus/Hu/GII.4/2791/09/09-Oct-2009/Slovenia
746             Norovirus/Hu/GII.4/2830/09/15-Oct-2009/Slovenia
747             Norovirus/Hu/GII.4/288/05/04-Feb-2005/Slovenia
748             Norovirus/Hu/GII.4/2889/09/23-Oct-2009/Slovenia
749             Norovirus/Hu/GII.4/290/05/04-Feb-2005/Slovenia
750             Norovirus/Hu/GII.4/580/07/26-Feb-2007/Slovenia
751             Norovirus/Hu/GII.4/755/10/17-Mar-2010/Slovenia
752             Norovirus/Hu/GII.4/756/10/17-Mar-2010/Slovenia
753             Norovirus/Hu/GII.4/757/10/17-Mar-2010/Slovenia
754             Norovirus/Hu/GII.4/V17/08/05-Feb-2009/Slovenia
755             Norovirus/Hu/GII.4/V2/09/18-Jan-2009/Slovenia
756             Norovirus/Hu/GII.4/V3/09/18-Jan-2009/Slovenia
757             Norovirus/Hu/GII.4/V47/09/25-Feb-2009/Slovenia
758             Norovirus/Hu/GII.4/V7/09/11-Jan-2009/Slovenia
759             Norwalk-like
760             Nuclearia-like
761             Oak-Vale
762             Oceanospirillum-like
763             Ochlerotatus-associated
764             Odonata-associated
765             oil-degrading
766             oil-susceptible
767             Onyong-nyong
768             oomycete-like
769             oral-nasopharyngeal
770             Orange-breasted
771             Orange-spotted
772             Ourmia-like
773             oxamyl-degrading
774             P-decomposing
775             P-element
776             P1-specific
777             PAH-contaminated
778             Paracoccus-like
779             Parecho-like
780             Paromomycin-resistant
781             Partiti-like
782             Partitivirus-like
783             Parvo-like
784             Passionfruit-associated
785             PCB-dechlorinating
786             Peach-associated
787             Pechuel-loeschea
788             Peptococcus-like
789             Percalates-clade
790             perchlorate-reducing
791             Perchlorate-reducing
792             Perkinsela-like
793             Perkinsiella-like
794             pesticide-degrading
795             Pfiesteria-like
796             pharmaceutical-degrading
797             phenanthrene-degrading
798             phenanthrene-metabolizing
799             phenol-degrading
800             Phlebotomus-associated
801             Phoma-like
802             phosphorous-removal
803             Picorna-like
804             Pig-tailed
805             Pigeon-dominant
806             piggyBac-based
807             piggyBac-helper
808             Pike-perch
809             Pink-eared
810             Piscirickettsia-like
811             Pistacia-associated
812             pkBIG-alpha
813             pLEV-TeLS
814             pnpB-pnpA
815             Po-Circo-like
816             Poaceae-associated
817             Point-Douro
818             Polycystine-like
819             porcine-murine
820             Porphyromonas-like
821             Port-miou
822             Posa-like
823             PreXMRV-1
824             PreXMRV-1/PreXMRV-2
825             PreXMRV-2
826             Promoter-probe
827             Promoter-trap
828             Pseudo-nitzschia
829             Pseudoalteromonas-like
830             PTE-S5
831             Puumala-like
832             PVB_OTU_4-like
833             Qinvirus-like
834             Quinoa-associated
835             R6K-based
836             Raccoon-associated
837             RDHV-like
838             Red-bellied
839             Red-billed
840             Red-capped
841             Red-crowned
842             Red-eared
843             Red-faced
844             Red-fronted
845             Red-handed
846             Red-necked
847             Red-recombineering
848             Regulator-reporter
849             Reptile-associated
850             Retro-megavirus
851             Rigidomastix-like
852             RIOMV-3
853             RIOMV-4
854             Rm-Bat-CoV
855             RML-105355
856             rod-shaped
857             root-associated
858             Rosaceae-associated
859             Roseobacter-like
860             Rous-associated
861             rpL23-fusion
862             Rubrivivax-like
863             Rudolf-kamelinia
864             RV-African
865             RV-Bower
866             RV-Brook
867             RV-Brown
868             RV-Common
869             RV-Edible
870             RV-European
871             RV-Freshwater
872             RV-Gharial
873             RV-Horse
874             RV-Iberian
875             RV-Leopard
876             RV-Painted
877             RV-Palmate
878             RV-Pit
879             RV-Pufferfish
880             RV-Rhinatremid
881             RV-Rocket
882             RV-Slider
883             RV-Stickleback
884             RV-Stripe
885             RV-Tiger
886             RV-Tinamou
887             RV-Tuatara
888             RVA/Human-wt/MWI/1473/2001/G8P4
889             RVA/Human-wt/ZAF/3133WC/2009/G12P4
890             RVA/Human-wt/ZAF/3176WC/2009/G12P6
891             RVA/Human-wt/ZAF/3203WC/2009/G2P4
892             S10-like
893             S2-like
894             S5-like
895             S7-like
896             Santee-Cooper
897             Sapelovirus-like
898             Sapporo-HK299
899             SARS-like
900             SARS-related
901             Saxo-fridericia
902             Sciuro-hypnum
903             Sebastiano-Schaueria
904             selenate-reducing
905             Selenomonas-like
906             Self-inactivating
907             Sewage-associated
908             Sharp-tailed
909             Short-finned
910             short-tailed
911             Shuttle-expression
912             Shuttle/allelic-replacement
913             Sikhote-Alin
914             simazine-degrading
915             Simian-Human
916             Sindbis-like
917             Single-copy
918             Sint-Jan
919             Sisal-associated
920             Site-specific
921             SIV-derived
922             SIV-wrc
923             Snail-Cactus
924             SNAP-XDocII
925             Snyder-Theilen
926             Sodalis-like
927             Soft-shell
928             Soft-shelled
929             Soil-borne
930             Solms-laubachia
931             Soybean-associated
932             Spawner-isolated
933             Sphingobacterium-like
934             Sphingomonas-like
935             Sphinx1.76-related
936             Sphinx2.36-related
937             Spiroplasma-symbiont
938             Spirosoma-like
939             Spumella-like
940             Spur-thighed
941             St-Valerien
942             star-like
943             Stenotrophomonas-like
944             Sticholonche-like
945             Stolbur-It
946             Stolbur-Rus
947             Striga-associated
948             Stripa-derived
949             Stx1-converting
950             Stx1a-converting
951             Stx2-converting
952             Stx2a-converting
953             Stx2d-converting
954             sulfate-reducing
955             sulfide-oxidizing
956             sulfite-reducing
957             sulfo-oxidizing
958             sulfur-oxidizing
959             Sunn-hemp
960             Synechococcus-like
961             Synechocystis-like
962             T-DNA
963             T-vector
964             T4-like
965             T7-like
966             Taro-associated
967             Taxeobacter-like
968             Tea-oil
969             Temperature-sensitive
970             Tent-making
971             Tetracycline-inducible
972             Theileria-related
973             Theilers-like
974             thiocyanate-degrading
975             thiosulfate-disproportionating
976             thiosulfate-reducing
977             Thrips-associated
978             Ti-curing
979             Tick-associated
980             tick-borne
981             Tick-borne
982             toluene-degrading
983             Tombus-like
984             Totivirus-like
985             Tri-shuttle
986             trichloroacetic-acid-degrading
987             triclosan-degrading
988             Trifolium-associated
989             TSE-associated
990             TTV-like
991             Twisted-stalk
992             TYLCAxV-Sic1-IT:Sic2/2:04
993             TYLCAxV-Sic2-IT:Sic2/5:04
994             TYLCCNV-Y322
995             tylosin-resistant
996             Type-B
997             Type-C
998             Type-D
999             Type-E
1000             Type-F
1001             U1Ap-mCherry
1002             UAG-readthrough
1003             UAS-less
1004             UAS-Red
1005             UAS-Stinger
1006             Ui-te-Rangiora
1007             Van-royena
1008             VDV-1/DWV
1009             VESV-like
1010             Violaceae-associated
1011             Virga-like
1012             Viroid-like
1013             Virus-associated
1014             Virus-induced
1015             Virus-like
1016             Visna-maedi
1017             Vittaforma-like
1018             WA-like
1019             wall-less
1020             Weivirus-like
1021             White-eye
1022             White-headed
1023             white-rot
1024             White-sloanea
1025             White-tailed
1026             white-throated
1027             White-tufted-ear
1028             Whitefly-associated
1029             Whitefly-transmitted
1030             WPS-2
1031             X-cell
1032             X-symbiont
1033             Xanthomonas-like
1034             XMRV-like
1035             XMRV-related
1036             xylene-degrading
1037             Y-symbiont
1038             Yaba-7
1039             Yaba-like
1040             Yado-kari
1041             Yado-nushi
1042             Yaounde-like
1043             Yellow-bellied
1044             Yellow-breasted
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2223             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Salvador20137
2224             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Salvador20148
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2226             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Sao_Luis20190
2227             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Sao_Luis20196
2228             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Sao_Luis20292
2229             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Sao_Luis20302
2230             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Tubarao19873
2231             GII/Hu/BRA/2011/GII.4_NewOrleans_2009/Zortea20377
2232             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Angra_dos_Reis21429
2233             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Blumenau21624
2234             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Fraiburgo21677
2235             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Mantenopolos21548
2236             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Paco_do_Lumiar21659
2237             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Rio_de_Janeiro21389
2238             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Sao_Jeronimo21393
2239             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Sao_Luis21652
2240             GII/Hu/BRA/2012/GII.4_Sydney_2012/Sao_Luis21666
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2407             GII/Hu/SI/2015/GII.4_Sydney2012/Ljubljana655
2408             GII/Hu/SI/2015/GII.4_Sydney2012/Ljubljana76
2409             GII/Hu/SI/2015/GII.4_Sydney2012/Ljubljana774
2410             GII/Hu/SI/2015/GII.4_Sydney2012/Ljubljana826
2411             GII/Hu/TW/2012/GII.Pe_GII.4_Sydney2012/Taipei/105
2412             GII/Hu/TW/2012/GII.Pe_GII.4_Sydney2012/Taipei/106
2413             GII/Hu/TW/2012/GII.Pe_GII.4_Sydney2012/Taipei/108
2414             GII/Hu/TW/2012/GII.Pe_GII.4_Sydney2012/Taipei/109
2415             GII/Hu/ZA/2012/GII.Pe_GII.4
2416             GII/Hu/ZA/2012/GII.Pg_GII.12/Bushbuckridge9306
2417             GII/Hu/ZA/2013/GII.P7_GII.6/Johannesburg130930
2418             GII/Hu/ZAF/2009/GII.P4_GII.4/Johannesburg/4175
2419             GII/Hu/ZAF/2011/GII.P4_GII.4/Empangeni/8501
2420             GII/Hu/ZAF/2011/GII.P4_GII.4/Johannesburg/7028
2421             GII/Hu/ZAF/2012/GII.P4_GII.4/CapeTown/10105
2422             GII/Hu/ZAF/2012/GII.P4_GII.4/CapeTown/9772
2423             GII/Hu/ZAF/2012/GII.P4_GII.4/Empangeni/8604
2424             GII/Hu/ZAF/2012/GII.P4_GII.4/Empangeni/9693
2425             GII/Hu/ZAF/2012/GII.P4_GII.4/Johannesburg/BW
2426             GS2_2_25
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2429             GSM_I_36B_cl_10_2
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2492             Hu/Caterer_Company_2_pat_2/12-04-2003/NL
2493             Hu/Caterer_personel_1/16-04-2003/NL
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2539             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S2/Jan2008/SP
2540             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S3/Dec2008/SP
2541             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S3/Feb2009/SP
2542             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S3/Nov2008/SP
2543             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S4/Feb2009/SP
2544             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S7/Apr2008/SP
2545             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S9/Apr2008/SP
2546             Hu/GGI.4/River_Water/Llobregat_S9/Feb2009/SP
2547             Hu/GGI.4/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Apr2008/SP
2548             Hu/GGI.4/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Feb2009/SP
2549             Hu/GGI.4/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Jan2009/SP
2550             Hu/GGI.4/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Jul2008/SP
2551             Hu/GGI.4/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Jun2008/SP
2552             Hu/GGI.4/Treated_Wastewater/Llobregat_S6b/Jan2008/SP
2553             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Apr2008/SP
2554             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Dec2008/SP
2555             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Feb2009/SP
2556             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Jan2008/SP
2557             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Jul2008/SP
2558             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Oct2008/SP
2559             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S12/Sep2008/SP
2560             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S5/Feb2008/SP
2561             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S5/Feb2009/SP
2562             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S5/Jan2009/SP
2563             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S5/Jun2008/SP
2564             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S5/Mar2008/SP
2565             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S5/Sep2008/SP
2566             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S8/Jan2009/SP
2567             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S8/Nov2008/SP
2568             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S8/Oct2008/SP
2569             Hu/GGI.4/Wastewater/Llobregat_S8/Sep2008/SP
2570             Hu/GGI.5/Wastewater/Llobregat_S8/Feb2008/SP
2571             Hu/GGI.5/Wastewater/Llobregat_S8b/May2008/SP
2572             Hu/GGI.5/Wastewater/Llobregat_S8c/May2008/SP
2573             Hu/GGI.7/ASPB06/2010/10_11180/Jan2010/SP
2574             Hu/GGI.7/ASPB08/2010/10_01949/Jan2010/SP
2575             Hu/GGI.7/ASPB80/2010/10_31750/Dec2010/SP
2576             Hu/GGI.7/Wastewater/Llobregat_S8/Jun2008/SP
2577             Hu/GGI.8/Wastewater/Llobregat_S8a/May2008/SP
2578             Hu/GGI.NA2/River_Water/Llobregat_S7/Jun2008/SP
2579             Hu/GGI.NA2/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Dec2008/SP
2580             Hu/GGI.NA3/River_Water/Llobregat_S4/Apr2008/SP
2581             Hu/GGII-4/Badalona/1586/BNM_05/06/Sp
2582             Hu/GGII-4/Banyoles/1474/Gi_10/06/Sp
2583             Hu/GGII-4/Barcelona/1258/BNM_08/05
2584             Hu/GGII-4/Blanes/1483/Gi_22/06/Sp
2585             Hu/GGII-4/Cabrera/1590/RCSP_01/Sp
2586             Hu/GGII-4/Calonge/Gi_03/1216/05
2587             Hu/GGII-4/Cambrils/1105/TA_10/05
2588             Hu/GGII-4/Corbera/RCSP_68/1134/04
2589             Hu/GGII-4/Els_Pallers/1617/TA_02/06/Sp
2590             Hu/GGII-4/Roses/1491/Gi_23/06/Sp
2591             Hu/GGII-4/Sabadell/1196/RC94_04/04
2592             Hu/GGII-4/Sabadell/1236/RC_08/05
2593             Hu/GGII-4/Sabadell/1510/RC_02/06/Sp
2594             Hu/GGII-4/Sant_Cugat/1527/RC_06/06/Sp
2595             Hu/GGII-4/Sant_Quirze/1092/RC_80/04
2596             Hu/GGII-4/Sant_Sadurni/1087/RC_84/04
2597             Hu/GGII-4/Tarragona/1613/TA_01/06/Sp
2598             Hu/GGII-4/Tarragona/1624/TA_03/06/Sp
2599             Hu/GGII-4/Tarragona/1636/TA_05/06/Sp
2600             Hu/GGII-4/Tremp/1567/Lleida_03/06/Sp
2601             Hu/GGII-4/Valencia_HCUV/593/02
2602             Hu/GGII-4/Vall_de_Bianya/1477/Gi_19/06/Sp
2603             Hu/GGII.12/ASPB80/2010/10_31978/Dec2010/SP
2604             Hu/GGII.13/Wastewater/Llobregat_S12/Apr2008/SP
2605             Hu/GGII.14/River_Water/Llobregat_S3/Feb2009/SP
2606             Hu/GGII.21/ASPB11/2010/10_01694/Feb2010/SP
2607             Hu/GGII.21/River_Water/Llobregat_S4/Jan2008/SP
2608             Hu/GGII.21/River_Water/Llobregat_S9b/Apr2008/SP
2609             Hu/GGII.21/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Feb2008/SP
2610             Hu/GGII.21/Treated_Wastewater/Llobregat_S6/Jan2008/SP
2611             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S12/Feb2009/SP
2612             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S12/Jan2008/SP
2613             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S12/Oct2008/SP
2614             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S5/Feb2008/SP
2615             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S5/Jan2008/SP
2616             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S5/Jun2008/SP
2617             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S8/Jan2008/SP
2618             Hu/GGII.21/Wastewater/Llobregat_S8/Jan2009/SP
2619             Hu/GGII.3/River_Water/Llobregat_S2/Dec2008/SP
2620             Hu/GGII.3/River_Water/Llobregat_S3/Dec2008/SP
2621             Hu/GGII.3/Wastewater/Llobregat_S5b/Apr2008/SP
2622             Hu/GGII.4/ASPB01/2011/11_00122/Jan2011/SP
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2628             Hu/GGII.4/ASPB109/2012/12_22463/Oct2012/SP
2629             Hu/GGII.4/ASPB11/2010/10_01644/Feb2010/SP
2630             Hu/GGII.4/ASPB111/2011/11_21457/Oct2011/SP
2631             Hu/GGII.4/ASPB111/2012/12_22947/SP
2632             Hu/GGII.4/ASPB14/2011/11_05091/March2011/SP
2633             Hu/GGII.4/ASPB15/2011/11_05033/March2011/SP
2634             Hu/GGII.4/ASPB15/2011/11_05034/March2011/SP
2635             Hu/GGII.4/ASPB25/2010/10_05477/March2010/SP
2636             Hu/GGII.4/ASPB25/2010/10_05657/March2010/SP
2637             Hu/GGII.4/ASPB74/2010/10_30425/Nov2010/SP
2638             Hu/GGII.4/River_Water/Llobregat_S2/Jan2008/SP
2639             Hu/GGII.4/River_Water/Llobregat_S3/Feb2008/SP
2640             Hu/GGII.4/River_Water/Llobregat_S3/Nov2008/SP
2641             Hu/GGII.4/River_Water/Llobregat_S4b/Jan2008/SP
2642             Hu/GGII.4/River_Water/Llobregat_S7/Apr2008/SP
2643             Hu/GGII.4/River_Water/Llobregat_S9/Feb2008/SP
2644             Hu/GGII.4/Wastewater/Llobregat_S12/Mar2008/SP
2645             Hu/GGII.4/Wastewater/Llobregat_S5/Dec2008/SP
2646             Hu/GGII.4/Wastewater/Llobregat_S5/Oct2008/SP
2647             Hu/GGII.4/Wastewater/Llobregat_S8/Feb2008/SP
2648             Hu/GGII.6/ASPB105/2012/12_21910/Oct2012/SP
2649             Hu/GGII.6/ASPB108/2012/12_22457/Oct2012/SP
2650             Hu/GGII.6/ASPB38/2012/12_09395/May2012/SP
2651             Hu/GGII.6/ASPB79/2012/12_18747/Sep2012/SP
2652             Hu/GGII.6/River_Water/Llobregat_S3/Apr2008/SP
2653             Hu/GGII.6/River_Water/Llobregat_S9/Apr2008/SP
2654             Hu/GGII.6/Wastewater/Llobregat_S5/Apr2008/SP
2655             Hu/GGII.6/Wastewater/Llobregat_S5/Jan2009/SP
2656             Hu/GGII.6/Wastewater/Llobregat_S8/Oct2008/SP
2657             Hu/GGII.7/ASPB01/2011/11_00124/Jan2011/SP
2658             Hu/GGII.7/ASPB105/2012/12_22088/Oct2012/SP
2659             Hu/GGII.7/River_Water/Llobregat_S7/May2008/SP
2660             Hu/GI.1/CHA6A003_20091028/2009/USA
2661             Hu/GI.1/CHA6A003_20091031/2009/USA
2662             Hu/GI.1/CHA6A003_20091104/2009/USA
2663             Hu/GI.1/CHA9A004_20110419/2011/USA
2664             Hu/GI.1/CHA9A004_20110426/2011/USA
2665             Hu/GI.3/JKPG_881/SWE/2007
2666             Hu/GI.3/JKPG_882/SWE/2007
2667             Hu/GI.3/JKPG_883/SWE/2007
2668             Hu/GI.4/Muonio/11V1867_1/2011/FIN
2669             Hu/GI.4/Muonio/11V1869_1/2011/FIN
2670             Hu/GI.4/Muonio/11V1869_2/2011/FIN
2671             Hu/GI.6/M16_003/2016/JP
2672             Hu/GI.6/wastewater/Llobregat_S5/Oct2008/SP
2673             Hu/GI/GP1_Aug09_4102/ZAF
2674             Hu/GI/GP1_Feb10_4826/ZAF
2675             Hu/GI/GP1_Feb10_4832/ZAF
2676             Hu/GI/GP1_Jun09_3613/ZAF
2677             Hu/GI/GP1_Mar10_5068/ZAF
2678             Hu/GI/GP1_Mar11_7137/ZAF
2679             Hu/GI/GP1_May09_3474/ZAF
2680             Hu/GI/GP1_Oct09_4398/ZAF
2681             Hu/GI/GP2_Aug10_2676/ZAF
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2701             Hu/GII-4/2007b_ORF2-3/JP
2702             Hu/GII-4/2007b_ORF2/JP
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2708             Hu/GII-4/2008b_ORF2/JP
2709             Hu/GII-4/Berga/RC69_02/926/03/Sp
2710             Hu/GII-4/Can_Sans/787/02/Sp
2711             Hu/GII-4/Manresa/81_02/914/02/Sp
2712             Hu/GII-4/Pineda_de_Mar/792/02/Sp
2713             Hu/GII-4/Res._S.Patricio/757/02/Sp
2714             Hu/GII-4/Res_Enbellpuig/793/02/Sp
2715             Hu/GII-4/Sallent/RC_73_02/921/02/Sp
2716             Hu/GII.13/ASPB03/2010/10_04332/March2010/SP
2717             Hu/GII.13/ASPB37/2010/10_15477/June2010/SP
2718             Hu/GII.2/Akita7_2014_JP
2719             Hu/GII.2/Akita8_2012_JP
2720             Hu/GII.2/Akita8_2014_JP
2721             Hu/GII.2/Aomori7_2014_JP
2722             Hu/GII.2/Ehime1_2012_JP
2723             Hu/GII.2/Ehime2_2012_JP
2724             Hu/GII.2/Ehime4_2014_JP
2725             Hu/GII.2/Ehime5_2014_JP
2726             Hu/GII.2/Fukui1_2012_JP
2727             Hu/GII.2/Fukui2_2012_JP
2728             Hu/GII.2/Hiroshima6_2014_JP
2729             Hu/GII.2/Hiroshimacity1_2012_JP
2730             Hu/GII.2/Hiroshimacity2_2012_JP
2731             Hu/GII.2/Hiroshimacity5_2014_JP
2732             Hu/GII.2/Hiroshimacity6_2014_JP
2733             Hu/GII.2/Miyagi1_2012_JP
2734             Hu/GII.2/Miyagi2_2014_JP
2735             Hu/GII.2/Niigata5_2012_JP
2736             Hu/GII.2/Osaka4_2014_JP
2737             Hu/GII.2/Osaka5_2014_JP
2738             Hu/GII.2/Osakacity5_2012_JP
2739             Hu/GII.2/Saitama4_2012_JP
2740             Hu/GII.2/Saitama5_2012_JP
2741             Hu/GII.4/Airv_B1_R15/2012/Gothenburg/Sweden
2742             Hu/GII.4/Airv_C1_R10/2012/Gothenburg/Sweden
2743             Hu/GII.4/Dust_A1_R10/2012/Gothenburg/Sweden
2744             Hu/GII.4/Dust_A1_R11/2012/Gothenburg/Sweden
2745             Hu/GII.4/Dust_A1_R12/2012/Gothenburg/Sweden
2746             Hu/GII.4/Dust_A1_R13/2012/Gothenburg/Sweden
2747             Hu/GII.4/Dust_A1_R14/2012/Gothenburg/Sweden
2748             Hu/GII.4/Dust_A1_R15/2012/Gothenburg/Sweden
2749             Hu/GII.4/Dust_A1_R17/2012/Gothenburg/Sweden
2750             Hu/GII.4/Dust_A1_R18/2012/Gothenburg/Sweden
2751             Hu/GII.4/InDRE0644_Chis/MEX/2006
2752             Hu/GII.4/InDRE1307_Camp/MEX/2006
2753             Hu/GII.4/InDRE1401_Chis/MEX/2006
2754             Hu/GII.4/InDRE1697_Chis/MEX/2006
2755             Hu/GII.4/InDRE1839_Camp/MEX/2006
2756             Hu/GII.4/InDRE2115_Hgo/MEX/2006
2757             Hu/GII.4/InDRE2154_QRoo/MEX/2006
2758             Hu/GII.4/InDRE2256_QRoo/MEX/2006
2759             Hu/GII.4/InDRE2266_Mich/MEX/2006
2760             Hu/GII.4/InDRE2307_Camp/MEX/2006
2761             Hu/GII.4/InDRE2378_QRoo/MEX/2006
2762             Hu/GII.4/InDRE2384_Tamps/MEX/2006
2763             Hu/GII.4/InDRE2389_Tamps/MEX/2006
2764             Hu/GII.4/InDRE2395_Tamps/MEX/2006
2765             Hu/GII.4/InDRE2600_Camp/MEX/2006
2766             Hu/GII.4/InDRE2627_QRoo/MEX/2006
2767             Hu/GII.4/InDRE2628_QRoo/MEX/2006
2768             Hu/GII.4/InDRE2659_Camp/MEX/2006
2769             Hu/GII.4/InDRE2661_Camp/MEX/2006
2770             Hu/GII.4/InDRE2691_Chis/MEX/2006
2771             Hu/GII.4/InDRE2788_Tamps/MEX/2006
2772             Hu/GII.4/InDRE2812_Tamps/MEX/2006
2773             Hu/GII.4/InDRE2822_Tamps/MEX/2006
2774             Hu/GII.4/InDRE2835_QRoo/MEX/2006
2775             Hu/GII.4/InDRE2872_Chis/MEX/2006
2776             Hu/GII.4/InDRE2900_QRoo/MEX/2006
2777             Hu/GII.4/InDRE2913_QRoo/MEX/2006
2778             Hu/GII.4/InDRE2915_QRoo/MEX/2006
2779             Hu/GII.4/InDRE2917_QRoo/MEX/2006
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2781             Hu/GII.4/InDRE2987_Tamps/MEX/2006
2782             Hu/GII.4/InDRE2991_Camp/MEX/2006
2783             Hu/GII.4/InDRE3013_Ver/MEX/2006
2784             Hu/GII.4/InDRE3019_Ver/MEX/2006
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2787             Hu/GII.4/InDRE3103_Yuc/MEX/2006
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2789             Hu/GII.4/InDRE3116_Yuc/MEX/2006
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2876             Hu/GII.4/R_09-2009_6/GER/2009
2877             Hu/GII.4/R_09-2009_8/GER/2009
2878             Hu/GII.4/R_09-2009_9/GER/2009
2879             Hu/GII.4/Salo/11V2359_1/2011/FIN
2880             Hu/GII.4/Vt_A1_R10/2012/Gothenburg/Sweden
2881             Hu/GII.4/Vt_A1_R11/2012/Gothenburg/Sweden
2882             Hu/GII.4/Vt_B2_R15/2012/Gothenburg/Sweden
2883             Hu/GII.4/whb_B1_R15/2012/Gothenburg/Sweden
2884             Hu/GII.4/whb_C1_R7/2012/Gothenburg/Sweden
2885             Hu/GII.4_variant
2886             Hu/GII.7/A_03-2006_11/GER/2006
2887             Hu/GII.7/A_03-2006_12/GER/2006
2888             Hu/GII.7/A_03-2006_2/GER/2006
2889             Hu/GII.7/A_03-2006_3/GER/2006
2890             Hu/GII.7/A_03-2006_4/GER/2006
2891             Hu/GII.7/A_03-2006_5/GER/2006
2892             Hu/GII.7/A_03-2006_6/GER/2006
2893             Hu/GII.7/A_03-2006_7/GER/2006
2894             Hu/GII.7/A_03-2006_9/GER/2006
2895             Hu/GII.7/A_06-2006_1/GER/2006
2896             Hu/GII.7/A_06-2006_2/GER/2006
2897             Hu/GII.7/A_06-2006_3/GER/2006
2898             Hu/GII.7/A_06-2006_4/GER/2006
2899             Hu/GII.7/A_06-2006_5/GER/2006
2900             Hu/GII.7/A_06-2006_7/GER/2006
2901             Hu/GII.7/A_06-2006_8/GER/2006
2902             Hu/GII.7/A_06-2006_9/GER/2006
2903             Hu/GII.7/GII.6/LNOV_PA16014/BRAZIL/2016
2904             Hu/GII.7/Muonio/11V1867_2/2011/FIN
2905             Hu/GII.8/GII.8/LNOV_PA16001/BRAZIL/2016
2906             Hu/GII.g/Salo/11V2362_1/2011/FIN
2907             Hu/GII.P.17/GII.17/LNOV_PA16004/BRAZIL/2016
2908             Hu/GII.P.17/GII.17/LNOV_PA16005/BRAZIL/2016
2909             Hu/GII.P.17/GII.17/LNOV_PA16007/BRAZIL/2016
2910             Hu/GII.P.17/GII.17/LNOV_PA16009/BRAZIL/2016
2911             Hu/GII.P16_GII.13/PR1395/2012/ITA
2912             Hu/GII.P16_GII.13/PR6717/2010/ITA
2913             Hu/GII.P16_GII.3/PR11068/2011/ITA
2914             Hu/GII.P16_GII.3/PR4526/2012/ITA
2915             Hu/GII.P17_GII.17/
2916             Hu/GII.P17_GII.17/Jinshan15/Shanghai/2014/CHN
2917             Hu/GII.P17_GII.17/NSW6016/2014/AU
2918             Hu/GII.P17_GII.17/PA31/2016/ITA
2919             Hu/GII.P17_GII.17/PA39/2016/ITA
2920             Hu/GII.P17_GII.17/PR668/2015/ITA
2921             Hu/GII.P4_GII.4/Minerva/2006/USA
2922             Hu/GII.P6_GII.6/1401Y107/CHN/2014
2923             Hu/GII.P7_GII.6/1401Y075/CHN/2014
2924             Hu/GII.P7_GII.6/1401Y127/CHN/2014
2925             Hu/GII.P7_GII.6/1403Y001/CHN/2014
2926             Hu/GII.P7_GII.6/1405Y017/CHN/2014
2927             Hu/GII.P7_GII.6/1405Y024/CHN/2014
2928             Hu/GII.P7_GII.6/1405Y035/CHN/2014
2929             Hu/GII.P7_GII.6/1406Y114/CHN/2014
2930             Hu/GII.P7_GII.6/1415Y002/CHN/2014
2931             Hu/GII.P7_GII.6/Maryland/2014/USA
2932             Hu/GII.P7_GII.7/1401Y082/CHN/2014
2933             Hu/GII.P7_GII.7/1406Y012/CHN/2014
2934             Hu/GII.Pe/GII.4-Sydney-2012/LNOV_PA16002/BRAZIL/2016
2935             Hu/GII.Pe/GII.4-Sydney-2012/LNOV_PA16003/BRAZIL/2016
2936             Hu/GII.Pe/GII.4-Sydney-2012/LNOV_PA16010/BRAZIL/2016
2937             Hu/GII.Pe/GII.4-Sydney-2012/LNOV_PA16016/BRAZIL/2016
2938             Hu/GII.Pg/GII.1/LNOV_PA16008/BRAZIL/2016
2939             Hu/GII.Pg/GII.1/LNOV_PA16011/BRAZIL/2016
2940             Hu/GII/AUS/2015/GII.P17_GII.17/Brisbane462
2941             Hu/GII/CN/2013/GII.P17_GII.17/Nanjing010141
2942             Hu/GII/GP1_Apr11_7390/ZAF
2943             Hu/GII/GP1_Feb11_6939/ZAF
2944             Hu/GII/GP1_Mar12_8762/ZAF
2945             Hu/GII/GP1_Nov10_6514/ZAF
2946             Hu/GII/GP1_Oct10_6381/ZAF
2947             Hu/GII/GP1_Sep11_8120/ZAF
2948             Hu/GII/GP2_Feb08_1351/ZAF
2949             Hu/GII/GP2_Mar11_2963/ZAF
2950             Hu/GII/GP2_Nov08_1706/ZAF
2951             Hu/GII/JP/2004/GII.P12_GII.2/Tochigi-92
2952             Hu/GII/JP/2004/GII.P2_GII.2/Hokkaido-13
2953             Hu/GII/JP/2004/GII.P2_GII.2/Tochigi-85
2954             Hu/GII/JP/2004/GII.P2_GII.2/Tochigi-86
2955             Hu/GII/JP/2004/GII.P2_GII.2/Tochigi-87
2956             Hu/GII/JP/2006/GII.P2_GII.2/Hokkaido-14
2957             Hu/GII/JP/2008/GII.P2_GII.2/Hokkaido-15
2958             Hu/GII/JP/2009/GII.P16_GII.2/Kanagawa-49
2959             Hu/GII/JP/2010/GII.P16_GII.2/Ehime-43
2960             Hu/GII/JP/2010/GII.P16_GII.2/Ehime-44
2961             Hu/GII/JP/2010/GII.P16_GII.2/Kanagawa-50
2962             Hu/GII/JP/2010/GII.P16_GII.2/Kanagawa-51
2963             Hu/GII/JP/2010/GII.P16_GII.2/Osaka-019
2964             Hu/GII/JP/2010/GII.P2_GII.2/Hiroshima-17
2965             Hu/GII/JP/2010/GII.P2_GII.2/Hiroshima-18
2966             Hu/GII/JP/2010/GII.P2_GII.2/Hiroshima-19
2967             Hu/GII/JP/2010/GII.P2_GII.2/Hokkaido-16
2968             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Ehime-45
2969             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Hiroshima-26
2970             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Hokkaido-17
2971             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Osaka-023
2972             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Osaka-038
2973             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Osaka-18
2974             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Osaka-26
2975             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Osaka-9
2976             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Saitama-51
2977             Hu/GII/JP/2011/GII.P16_GII.2/Yamaguchi-4
2978             Hu/GII/JP/2012/GII.P16_GII.2/Ehime-46
2979             Hu/GII/JP/2012/GII.P16_GII.2/Hokkaido-18
2980             Hu/GII/JP/2012/GII.P16_GII.2/Saitama-121
2981             Hu/GII/JP/2012/GII.P16_GII.2/Saitama-122
2982             Hu/GII/JP/2012/GII.P16_GII.2/Tochigi-26
2983             Hu/GII/JP/2012/GII.P16_GII.2/Tochigi-30
2984             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Ehime-6
2985             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Ehime-8
2986             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Ehime-9
2987             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Miyagi-7
2988             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Miyagi-8
2989             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Saitama-123
2990             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Saitama-124
2991             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Saitama-125
2992             Hu/GII/JP/2013/GII.P16_GII.2/Tochigi-46
2993             Hu/GII/JP/2013/GII.P17_GII.17/FE21_2013
2994             Hu/GII/JP/2013/GII.P17_GII.17/Saitama5203
2995             Hu/GII/JP/2013/GII.P17_GII.17/Saitama5309
2996             Hu/GII/JP/2014/GII.P16_GII.2/Hiroshima-30
2997             Hu/GII/JP/2014/GII.P16_GII.2/Kanagawa-52
2998             Hu/GII/JP/2014/GII.P16_GII.2/Osaka-225
2999             Hu/GII/JP/2014/GII.P16_GII.2/Osaka246
3000             Hu/GII/JP/2014/GII.P16_GII.2/Saitama-126
3001             Hu/GII/JP/2014/GII.P16_GII.2/Tochigi-17
3002             Hu/GII/JP/2014/GII.P17_GII.17/Kawasaki323
3003             Hu/GII/JP/2014/GII.P17_GII.17/Nagano7-1
3004             Hu/GII/JP/2014/GII.P17_GII.17/Nagano8-1
3005             Hu/GII/JP/2014/GII.P2_GII.2/Yamaguchi-014
3006             Hu/GII/JP/2014/GII.Pe_GII.2/Saitama-127
3007             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/FE20-2015
3008             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/FE44-2014
3009             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/FE47-2014
3010             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/FE58-2014
3011             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Kawasaki308
3012             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Oyster1-2015
3013             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Oyster2-2015
3014             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Oyster3-2015
3015             Hu/GII/JP/2015/GII.P17_GII.17/Oyster4-2015
3016             Hu/GII/JP/2015/GII.P2_GII.2/Miyagi-63
3017             Hu/GII/JP/2015/GII.P2_GII.2/Saitama-169
3018             Hu/GII/JP/2015/GII.Pe_GII.4/Osaka/OSF78
3019             Hu/GII/JP/2016/GII.P16_GII.4_Sydney2012/Kawasaki194
3020             Hu/GII/JP/2016/P16_GII.2/Aichi430
3021             Hu/GII/JP/2016/P16_GII.2/AichiF219
3022             Hu/GII/JP/2016/P16_GII.2/AichiF243
3023             Hu/GII/JP/2017/GII.P17_GII.17/Tokyo330021
3024             Hu/GII/JP/2017/P16_GII.2/Aichi156
3025             Hu/GII/MP_Jul09_3880/ZAF
3026             Hu/GII/MP_Mar11_2949/ZAF
3027             Hu/GII/OuagadougouBF102/GII.4_Sydney2012/2011/BFA
3028             Hu/GII/OuagadougouBF128/GII.4_Sydney2012/2012/BFA
3029             Hu/GII/OuagadougouBF136/GII.4_Sydney2012/2012/BFA
3030             Hu/GII/OuagadougouBF146/GII.4_Sydney2012/2012/BFA
3031             Hu/GII/OuagadougouBF152/GII.4_Sydney2012/2012/BFA
3032             Hu/GII/OuagadougouBF25/GII.4_Sydney2012/2011/BFA
3033             Hu/GII/OuagadougouBF27/GII.4_Sydney2012/2011/BFA
3034             Hu/GII/OuagadougouBF37/GII.4_Sydney2012/2011/BFA
3035             Hu/GII/OuagadougouBF38/GII.4_Sydney2012/2011/BFA
3036             Hu/GII/OuagadougouTB04/GII.4_Sydney2012/2011/BFA
3037             Hu/GII/PA/VIR_16F/BR/04-2012
3038             Hu/GII/PA/VIR_17F/BR/04-2012
3039             Hu/GII/PA/VIR_18F/BR/04-2012
3040             Hu/GII/PA/VIR_19F/BR/04-2012
3041             Hu/GII/PA/VIR_1F/BR/03-2012
3042             Hu/GII/PA/VIR_20F/BR/04-2012
3043             Hu/GII/PA/VIR_22F/BR/05-2012
3044             Hu/GII/PA/VIR_24F/BR/05-2012
3045             Hu/GII/PA/VIR_25F/BR/05-2012
3046             Hu/GII/PA/VIR_28F/BR/05-2012
3047             Hu/GII/PA/VIR_2F/BR/03-2012
3048             Hu/GII/PA/VIR_31F/BR/06-2012
3049             Hu/GII/PA/VIR_32F/BR/06-2012
3050             Hu/GII/PA/VIR_35F/BR/06-2012
3051             Hu/GII/PA/VIR_3F/BR/03-2012
3052             Hu/GII/PA/VIR_45F/BR/07-2012
3053             Hu/GII/PA/VIR_45S/BR/07-2012
3054             Hu/GII/PA/VIR_63F/BR/08-2012
3055             Hu/GII/PA/VIR_73F/BR/08-2012
3056             Hu/GII/PA/VIR_76F/BR/08-2012
3057             Hu/GII/PA/VIR_82F/BR/08-2012
3058             Hu/GII/PA/VIR_82S/BR/08-2012
3059             Hu/GII/RO/2015/GII.P17_GII.17/Dezna187865
3060             Hu/GII/RO/2015/GII.P17_GII.17/Sebis187601
3061             Hu/GII/RO/2015/GII.P17_GII.17/Sebis187602
3062             Hu/GII/WC_Jun10_5755/ZAF
3063             Hu/GIV/GP1_Jun10_5795/ZAF
3064             Hu/GIV/GP1_Mar10_5040/ZAF
3065             Hu/GIV/GP1_Mar10_5065/ZAF
3066             Hu/GIV/GP1_Mar11_7139/ZAF
3067             Hu/GIV/GP1_Sep09_4231/ZAF
3068             Hu/GIV/GP2_Dec08_1766/ZAF
3069             Hu/GIV/GP2_Jul10_2631/ZAF
3070             Hu/GIV/GP3_Mar08_1383/ZAF
3071             Hu/GIV/MP_Mar10_5036/ZAF
3072             Hu/GIV/MP_Mar11_8760/ZAF
3073             Hu/GIV/MP_May10_5510/ZAF
3074             Hu/GP1_Aug09_4102/ZAF
3075             Hu/GP1_Feb10_4826/ZAF
3076             Hu/GP1_Feb10_4832/ZAF
3077             Hu/GP1_Jun09_3613/ZAF
3078             Hu/GP1_Jun10_5795/ZAF
3079             Hu/GP1_Nov10_6514/ZAF
3080             Hu/GP2_Apr08_1416/ZAF
3081             Hu/GP2_Aug10_2676/ZAF
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5342             PE_IPFFD21
5343             PE_IPMFB27
5344             PE_IPMFB28
5345             pEAQ-HT_OsD27-myc
5346             pEAQ-HT_OsD27deltaDIS-myc
5347             pEBO_BDBV-GP
5348             PEPV_San92
5349             pET19b_DAD2cpGFP(G166)
5350             pET19b_DAD2cpGFP(G166)LSSmOrange
5351             pET19b_HisDAD2
5352             pET19b_HisDAD2cpGFP(G166)
5353             pET19b_ShHTL7cpGFP(L166)LSSmOrange
5354             PGPV10K_LD1
5355             PGPV10K_RP1
5356             PGPV10K_SP1
5357             PGPV11K_FP1
5358             PGPV11K_FP2
5359             PGPV11K_LD2
5360             PGPV11K_Pi5
5361             PGPV93K_RP2
5362             PGPVO_Pi1
5363             PGPVO_Pi2
5364             PGPVO_Pi4
5365             Ph1_Loihi
5366             Ph2_Loihi
5367             phage_Deep-GF0-KM16-C193
5368             phage_Deep1-GF2-KM23-C739
5369             phage_MedDCM-OCT-S28-C10
5370             phage_MedDCM-OCT-S28-C3
5371             phage_MedDCM-OCT-S30-C28
5372             phage_MedDCM-OCT-S31-C1
5373             phage_MedDCM-OCT-S35-C6
5374             phage_MedDCM-OCT-S37-C6
5375             phage_MedDCM-OCT-S38-C3
5376             phage_MedDCM-OCT-S39-C11
5377             phage_MedDCM-OCT-S42-C7
5378             phage_MedDCM-OCT-S45-C18
5379             phage_MedDCM-OCT-S45-C4
5380             phage_MedDCM-OCT-S46-C10
5381             pHC_pUC_ori
5382             PI_GH1.1.B5
5383             PI_GH2.1.C2
5384             pig/P15_2/2004/SVN
5385             pig/sw-90_1/SWE/2010
5386             pig/sw-92_2/SWE/2010
5387             pig/Swebo_1/SWE
5388             PII_GH2.2.C11
5389             Pip1_Cr_FR_2014
5390             Pip2_Cr_FR_2014
5391             Pip3_M_FR_2014
5392             pKW20_CDFtet_pAraRedCas9_TracrRNA
5393             pLC_pBBR1_ori
5394             PM58B_RA
5395             PREDICT_AdV-13
5396             PREDICT_AdV-14
5397             PREDICT_AdV-15
5398             PREDICT_AdV-16
5399             PREDICT_AdV-17
5400             PREDICT_AdV-18
5401             PREDICT_AdV-19
5402             PREDICT_AdV-2
5403             PREDICT_AdV-20
5404             PREDICT_AdV-21
5405             PREDICT_AdV-22
5406             PREDICT_AdV-23
5407             PREDICT_AdV-24
5408             PREDICT_AdV-25
5409             PREDICT_AdV-26
5410             PREDICT_AdV-27
5411             PREDICT_AdV-28
5412             PREDICT_AdV-29
5413             PREDICT_AdV-30
5414             PREDICT_AdV-31
5415             PREDICT_AdV-32
5416             PREDICT_AdV-33
5417             PREDICT_AdV-34
5418             PREDICT_AdV-35
5419             PREDICT_AdV-36
5420             PREDICT_AdV-37
5421             PREDICT_AdV-38
5422             PREDICT_AdV-39
5423             PREDICT_AdV-40
5424             PREDICT_AdV-41
5425             PREDICT_AdV-42
5426             PREDICT_AdV-43
5427             PREDICT_AdV-44
5428             PREDICT_AdV-45
5429             PREDICT_AdV-46
5430             PREDICT_AdV-47
5431             PREDICT_AdV-48
5432             PREDICT_AdV-49
5433             PREDICT_AdV-50
5434             PREDICT_AdV-51
5435             PREDICT_AdV-52
5436             PREDICT_AdV-53
5437             PREDICT_AdV-54
5438             PREDICT_AdV-55
5439             PREDICT_AdV-56
5440             PREDICT_AdV-57
5441             PREDICT_AdV-58
5442             PREDICT_AdV-59
5443             PREDICT_AdV-60
5444             PREDICT_AdV-61
5445             PREDICT_AdV-62
5446             PREDICT_AdV-63
5447             PREDICT_AdV-64
5448             PREDICT_AdV-65
5449             PREDICT_AdV-66
5450             PREDICT_AdV-67
5451             PREDICT_AdV-68
5452             PREDICT_AdV-69
5453             PREDICT_AdV-70
5454             PREDICT_AdV-71
5455             PREDICT_AdV-72
5456             PREDICT_AdV-73
5457             PREDICT_AdV-74
5458             PREDICT_AdV-75
5459             PREDICT_AdV-77
5460             PREDICT_AdV-78
5461             PREDICT_AdV-79
5462             PREDICT_AdV-80
5463             PREDICT_AdV-81
5464             PREDICT_AdV-87
5465             PREDICT_AdV-90
5466             PREDICT_AdV-91
5467             PREDICT_CoV-17
5468             PREDICT_CoV-35
5469             PREDICT_CoV-47
5470             PREDICT_CoV-49
5471             PREDICT_CoV-50
5472             PREDICT_CoV-82
5473             PREDICT_CoV-90
5474             PREDICT_CoV-92
5475             PREDICT_CoV-93
5476             PREDICT_CoV-96
5477             PREDICT_Orbi-6
5478             PREDICT_PapV-1
5479             PREDICT_PbV-1
5480             PREDICT_PbV-10
5481             PREDICT_PbV-100
5482             PREDICT_PbV-101
5483             PREDICT_PbV-102
5484             PREDICT_PbV-103
5485             PREDICT_PbV-104
5486             PREDICT_PbV-105
5487             PREDICT_PbV-106
5488             PREDICT_PbV-107
5489             PREDICT_PbV-108
5490             PREDICT_PbV-109
5491             PREDICT_PbV-11
5492             PREDICT_PbV-110
5493             PREDICT_PbV-111
5494             PREDICT_PbV-112
5495             PREDICT_PbV-113
5496             PREDICT_PbV-114
5497             PREDICT_PbV-115
5498             PREDICT_PbV-116
5499             PREDICT_PbV-117
5500             PREDICT_PbV-118
5501             PREDICT_PbV-119
5502             PREDICT_PbV-12
5503             PREDICT_PbV-120
5504             PREDICT_PbV-121
5505             PREDICT_PbV-13
5506             PREDICT_PbV-14
5507             PREDICT_PbV-15
5508             PREDICT_PbV-16
5509             PREDICT_PbV-17
5510             PREDICT_PbV-18
5511             PREDICT_PbV-19
5512             PREDICT_PbV-2
5513             PREDICT_PbV-20
5514             PREDICT_PbV-21
5515             PREDICT_PbV-22
5516             PREDICT_PbV-23
5517             PREDICT_PbV-24
5518             PREDICT_PbV-25
5519             PREDICT_PbV-26
5520             PREDICT_PbV-27
5521             PREDICT_PbV-28
5522             PREDICT_PbV-29
5523             PREDICT_PbV-3
5524             PREDICT_PbV-30
5525             PREDICT_PbV-31
5526             PREDICT_PbV-32
5527             PREDICT_PbV-33
5528             PREDICT_PbV-34
5529             PREDICT_PbV-35
5530             PREDICT_PbV-36
5531             PREDICT_PbV-37
5532             PREDICT_PbV-38
5533             PREDICT_PbV-39
5534             PREDICT_PbV-4
5535             PREDICT_PbV-40
5536             PREDICT_PbV-41
5537             PREDICT_PbV-42
5538             PREDICT_PbV-43
5539             PREDICT_PbV-44
5540             PREDICT_PbV-45
5541             PREDICT_PbV-46
5542             PREDICT_PbV-47
5543             PREDICT_PbV-48
5544             PREDICT_PbV-49
5545             PREDICT_PbV-5
5546             PREDICT_PbV-50
5547             PREDICT_PbV-51
5548             PREDICT_PbV-52
5549             PREDICT_PbV-53
5550             PREDICT_PbV-54
5551             PREDICT_PbV-55
5552             PREDICT_PbV-57
5553             PREDICT_PbV-58
5554             PREDICT_PbV-59
5555             PREDICT_PbV-6
5556             PREDICT_PbV-60
5557             PREDICT_PbV-61
5558             PREDICT_PbV-62
5559             PREDICT_PbV-63
5560             PREDICT_PbV-64
5561             PREDICT_PbV-65
5562             PREDICT_PbV-66
5563             PREDICT_PbV-67
5564             PREDICT_PbV-68
5565             PREDICT_PbV-69
5566             PREDICT_PbV-7
5567             PREDICT_PbV-70
5568             PREDICT_PbV-71
5569             PREDICT_PbV-72
5570             PREDICT_PbV-73
5571             PREDICT_PbV-74
5572             PREDICT_PbV-75
5573             PREDICT_PbV-76
5574             PREDICT_PbV-77
5575             PREDICT_PbV-78
5576             PREDICT_PbV-79
5577             PREDICT_PbV-8
5578             PREDICT_PbV-80
5579             PREDICT_PbV-81
5580             PREDICT_PbV-82
5581             PREDICT_PbV-83
5582             PREDICT_PbV-84
5583             PREDICT_PbV-85
5584             PREDICT_PbV-86
5585             PREDICT_PbV-87
5586             PREDICT_PbV-88
5587             PREDICT_PbV-89
5588             PREDICT_PbV-9
5589             PREDICT_PbV-90
5590             PREDICT_PbV-91
5591             PREDICT_PbV-92
5592             PREDICT_PbV-93
5593             PREDICT_PbV-94
5594             PREDICT_PbV-95
5595             PREDICT_PbV-96
5596             PREDICT_PbV-97
5597             PREDICT_PbV-98
5598             PREDICT_PbV-99
5599             PREDICT_PicornaV-1
5600             PREDICT_PicornaV-2
5601             PREDICT_PicornaV-3
5602             PREDICT_PicornaV-4
5603             PREDICT_PMV-10
5604             PREDICT_PMV-100
5605             PREDICT_PMV-101
5606             PREDICT_PMV-102
5607             PREDICT_PMV-103
5608             PREDICT_PMV-104
5609             PREDICT_PMV-105
5610             PREDICT_PMV-106
5611             PREDICT_PMV-107
5612             PREDICT_PMV-108
5613             PREDICT_PMV-109
5614             PREDICT_PMV-11
5615             PREDICT_PMV-110
5616             PREDICT_PMV-113
5617             PREDICT_PMV-114
5618             PREDICT_PMV-115
5619             PREDICT_PMV-116
5620             PREDICT_PMV-117
5621             PREDICT_PMV-118
5622             PREDICT_PMV-119
5623             PREDICT_PMV-12
5624             PREDICT_PMV-120
5625             PREDICT_PMV-121
5626             PREDICT_PMV-122
5627             PREDICT_PMV-124
5628             PREDICT_PMV-125
5629             PREDICT_PMV-126
5630             PREDICT_PMV-127
5631             PREDICT_PMV-128
5632             PREDICT_PMV-13
5633             PREDICT_PMV-131
5634             PREDICT_PMV-132
5635             PREDICT_PMV-133
5636             PREDICT_PMV-137
5637             PREDICT_PMV-138
5638             PREDICT_PMV-139
5639             PREDICT_PMV-14
5640             PREDICT_PMV-140
5641             PREDICT_PMV-141
5642             PREDICT_PMV-142
5643             PREDICT_PMV-143
5644             PREDICT_PMV-144
5645             PREDICT_PMV-145
5646             PREDICT_PMV-146
5647             PREDICT_PMV-147
5648             PREDICT_PMV-148
5649             PREDICT_PMV-149
5650             PREDICT_PMV-15
5651             PREDICT_PMV-150
5652             PREDICT_PMV-151
5653             PREDICT_PMV-152
5654             PREDICT_PMV-153
5655             PREDICT_PMV-155
5656             PREDICT_PMV-156
5657             PREDICT_PMV-159
5658             PREDICT_PMV-16
5659             PREDICT_PMV-160
5660             PREDICT_PMV-161
5661             PREDICT_PMV-163
5662             PREDICT_PMV-167
5663             PREDICT_PMV-168
5664             PREDICT_PMV-169
5665             PREDICT_PMV-17
5666             PREDICT_PMV-170
5667             PREDICT_PMV-171
5668             PREDICT_PMV-172
5669             PREDICT_PMV-173
5670             PREDICT_PMV-174
5671             PREDICT_PMV-175
5672             PREDICT_PMV-176
5673             PREDICT_PMV-18
5674             PREDICT_PMV-19
5675             PREDICT_PMV-2
5676             PREDICT_PMV-20
5677             PREDICT_PMV-21
5678             PREDICT_PMV-22
5679             PREDICT_PMV-23
5680             PREDICT_PMV-24
5681             PREDICT_PMV-25
5682             PREDICT_PMV-26
5683             PREDICT_PMV-27
5684             PREDICT_PMV-28
5685             PREDICT_PMV-29
5686             PREDICT_PMV-3
5687             PREDICT_PMV-30
5688             PREDICT_PMV-31
5689             PREDICT_PMV-32
5690             PREDICT_PMV-33
5691             PREDICT_PMV-34
5692             PREDICT_PMV-35
5693             PREDICT_PMV-36
5694             PREDICT_PMV-37
5695             PREDICT_PMV-38
5696             PREDICT_PMV-39
5697             PREDICT_PMV-4
5698             PREDICT_PMV-40
5699             PREDICT_PMV-41
5700             PREDICT_PMV-42
5701             PREDICT_PMV-43
5702             PREDICT_PMV-44
5703             PREDICT_PMV-45
5704             PREDICT_PMV-46
5705             PREDICT_PMV-47
5706             PREDICT_PMV-48
5707             PREDICT_PMV-49
5708             PREDICT_PMV-5
5709             PREDICT_PMV-50
5710             PREDICT_PMV-51
5711             PREDICT_PMV-52
5712             PREDICT_PMV-53
5713             PREDICT_PMV-54
5714             PREDICT_PMV-55
5715             PREDICT_PMV-56
5716             PREDICT_PMV-57
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6071             Sq1_host
6072             SRC_DS3
6073             SRC_DS3a
6074             SRC_DSE1
6075             SRC_DSE11
6076             SRC_DSE3
6077             SRC_DSE5
6078             SRC_DSE6
6079             SRC_DSE9
6080             SRC_DSI1
6081             SRC_DSI2
6082             SRU_1
6083             SRU_17
6084             SRU_35
6085             SUND_HBM1
6086             SV72_D
6087             TC1_29
6088             TC1_4
6089             TC2_12
6090             TC2_13
6091             TC3_16_MR-2014
6092             TC3_23_MR-2014
6093             TC3_29
6094             TC3_7_MR-2014
6095             terrain_en_construction
6096             TF4_16
6097             TF4_17
6098             TF4_17_MR-2014
6099             TF5_22_MR-2014
6100             TPMV_P-EGFP
6101             TPMV_P-EGFP_H-His6
6102             TPMV_P-EGFP_HaCD20
6103             TPMV_P-EGFP_HaEGFR
6104             TsCyV-1_JP-NUBS-2014
6105             UAB_Phi87
6106             UBP10_UBA1149
6107             UBP10_UBA1160
6108             UBP11_UBA4055
6109             UBP12_UBA5184
6110             UBP13_UBA5359
6111             UBP14_UBA6098
6112             UBP15_UBA6099
6113             UBP16_UBA6123
6114             UBP17_UBA6191
6115             UBP18_UBA7526
6116             UBP1_UBA2172
6117             UBP1_UBA4771
6118             UBP1_UBA4783
6119             UBP2_UBA2226
6120             UBP2_UBA2255
6121             UBP2_UBA2291
6122             UBP2_UBA4780
6123             UBP2_UBA5202
6124             UBP2_UBA5599
6125             UBP3_UBA1247
6126             UBP3_UBA1439
6127             UBP3_UBA3054
6128             UBP3_UBA6266
6129             UBP4_UBA4092
6130             UBP4_UBA6127
6131             UBP5_UBA1551
6132             UBP5_UBA1559
6133             UBP6_UBA1177
6134             UBP6_UBA1196
6135             UBP6_UBA1209
6136             UBP6_UBA3056
6137             UBP7_UBA6624
6138             UBP7_UBA7824
6139             UBP8_UBA6595
6140             UBP8_UBA7324
6141             UBP8_UBA7816
6142             UBP8_UBA817
6143             UBP8_UBA827
6144             UBP9_UBA1085
6145             UBP9_UBA11836
6146             UBP9_UBA1432
6147             UBP9_UBA4627
6148             UBP9_UBA4705
6149             UBP9_UBA5552
6150             UBP9_UBA6111
6151             UBP9_UBA6348
6152             UBP9_UBA6438
6153             Udayana_MDPVA
6154             Udayana_MDPVB
6155             vB_SabS_Sds2
6156             vB_SauM_SDQ
6157             VPXV_CA85
6158             W13C10_B
6159             W13C11_B
6160             W13C12_B
6161             W13C14_B
6162             W13C15_B
6163             W13C16_B
6164             W13C17_B
6165             W13C18_B
6166             W13C21_B
6167             W13C22_B
6168             W13C23_B
6169             W13C24_B
6170             W13C25_B
6171             W13C27_B
6172             W13C28_B
6173             W13C2_B
6174             W13C30_B
6175             W13C32_B
6176             W13C33_B
6177             W13C34_B
6178             W13C5_B
6179             W13C7_B
6180             W13M2_F
6181             W13M4_B
6182             W13M60_B
6183             W13M61a_B
6184             W13M62b_B
6185             W13M7_B
6186             W13S12_B
6187             W13S13_B
6188             W13S16_B
6189             W13S18_B
6190             W13S21_B
6191             W13S22_B
6192             W13S23_B
6193             W13S26_B
6194             W13S28_F
6195             W13S29_B
6196             W13S2_B
6197             W13S30_B
6198             W13S31_B
6199             W13S32_B
6200             W13S34_B
6201             W13S46_B
6202             W13S49_B
6203             W13S4_B
6204             W13S51_B
6205             W13S54_B
6206             W13S8_B
6207             W15C15_F
6208             W15C16_F
6209             W15C18a_F
6210             W15C28_F
6211             W15C2_F
6212             W15M16_F
6213             W15M1a_F
6214             W15M34_F
6215             W15S10_F
6216             W15S11_F
6217             W15S14_F
6218             W15S18_F
6219             W15S24b_F
6220             W15S32_F
6221             W15S58a_F
6222             W15S67_F
6223             W15S83_F
6224             W15S84a_F
6225             W15S84b_F
6226             W15S87a_F
6227             wastewater/GI.1/GP_Dec11_1395_1/2011/ZAF
6228             wastewater/GI.1/GP_Oct11_1145_3/2011/ZAF
6229             wastewater/GI.1/MP_Aug10_992/2010/ZAF
6230             wastewater/GI.1/MP_Nov10_1391/2010/ZAF
6231             wastewater/GI.1/MP_Oct11_1168/2011/ZAF
6232             wastewater/GI.1/MP_Sep10_1108/2010/ZAF
6233             wastewater/GI.3/GP_Oct11_1145_1/2011/ZAF
6234             wastewater/GI.3/GP_Oct11_1145_5/2011/ZAF
6235             wastewater/GI.3/NW_Nov11_1266/2011/ZAF
6236             wastewater/GI.4/GP_Sep11_1051/2011/ZAF
6237             wastewater/GI.8/NW_Aug11_957/2011/ZAF
6238             wastewater/GI/GP_Dec11_1395_2/2011/ZAF
6239             wastewater/GI/GP_Oct11_1085/2011/ZAF
6240             wastewater/GI/GP_Oct11_1145_2/2011/ZAF
6241             wastewater/GI/NW_Dec11_1394/2011/ZAF
6242             wastewater/GI/NW_Jul11_759/2011/ZAF
6243             wastewater/GI/NW_Nov11_1268/2011/ZAF
6244             wastewater/GII.12/NW_Aug11_957_1/2011/ZAF
6245             wastewater/GII.13/MP_Aug10_1012_3/2010/ZAF
6246             wastewater/GII.13/MP_Oct11_1086_5/2011/ZAF
6247             wastewater/GII.13/MP_Oct11_1168_2/2011/ZAF
6248             wastewater/GII.17/GP_Dec11_1395_1/2011/ZAF
6249             wastewater/GII.17/MP_Aug10_1012_5/2010/ZAF
6250             wastewater/GII.17/MP_Jul11_862_1/2011/ZAF
6251             wastewater/GII.17/MP_Sep10_1108/2010/ZAF
6252             wastewater/GII.17/NW_Aug11_1035_1/2011/ZAF
6253             wastewater/GII.17/NW_Aug11_908/2011/ZAF
6254             wastewater/GII.17/NW_Jul11_759/2011/ZAF
6255             wastewater/GII.17/NW_Jul11_874_1/2011/ZAF
6256             wastewater/GII.17/NW_Nov11_1268/2011/ZAF
6257             wastewater/GII.2/GP_Oct11_1083/2011/ZAF
6258             wastewater/GII.2/GP_Oct11_1145/2011/ZAF
6259             wastewater/GII.2/GP_Oct11_1147/2011/ZAF
6260             wastewater/GII.2/GP_Sep11_1051/2011/ZAF
6261             wastewater/GII.2/MP_Aug10_985/2010/ZAF
6262             wastewater/GII.2/MP_Oct11_1168_3/2011/ZAF
6263             wastewater/GII.2/MP_Sep10_1124/2010/ZAF
6264             wastewater/GII.2/NW_Aug11_909_3/2011/ZAF
6265             wastewater/GII.2/NW_Dec11_1394/2011/ZAF
6266             wastewater/GII.2/NW_Nov11_1266_1/2011/ZAF
6267             wastewater/GII.2/NW_Oct11_1077_1/2011/ZAF
6268             wastewater/GII.2/NW_Oct11_1077_2/2011/ZAF
6269             wastewater/GII.3/MP_Aug10_1010_4/2010/ZAF
6270             wastewater/GII.3/MP_Aug10_1012_4/2010/ZAF
6271             wastewater/GII.3/MP_Dec10_1493/2010/ZAF
6272             wastewater/GII.3/MP_Dec10_1521_6/2010/ZAF
6273             wastewater/GII.3/MP_Oct10_1229/2010/ZAF
6274             wastewater/GII.4/GP_Dec11_1395_2/2011/ZAF
6275             wastewater/GII.4/GP_Dec11_1395_3/2011/ZAF
6276             wastewater/GII.4/KZN_Nov11_1306/2011/ZAF
6277             wastewater/GII.4/KZN_Sep10_1052/2010/ZAF
6278             wastewater/GII.4/MP_Aug10_1010_2/2010/ZAF
6279             wastewater/GII.4/MP_Aug10_1010_3/2010/ZAF
6280             wastewater/GII.4/MP_Aug10_1011_1/2010/ZAF
6281             wastewater/GII.4/MP_Aug10_1011_2/2010/ZAF
6282             wastewater/GII.4/MP_Oct11_1086_1/2011/ZAF
6283             wastewater/GII.4/MP_Oct11_1168_1/2011/ZAF
6284             wastewater/GII.4/NW_Aug11_957_4/2011/ZAF
6285             wastewater/GII.4/NW_Jul11_757_1/2011/ZAF
6286             wastewater/GII.4/NW_Nov11_1266_3/2011/ZAF
6287             wastewater/GII.6/MP_Aug10_1011_3/2010/ZAF
6288             wastewater/GII.6/MP_Aug10_995/2010/ZAF
6289             wastewater/GII.6/MP_Dec10_1521_3/2010/ZAF
6290             wastewater/GII.6/NW_Aug11_909_1/2011/ZAF
6291             wastewater/GII.6/NW_Aug11_909_2/2011/ZAF
6292             wastewater/GII.6/NW_Jul11_757_4/2011/ZAF
6293             wastewater/GII.6/NW_Nov11_1266_2/2011/ZAF
6294             wastewater/GII.7/MP_Aug10_1012_1/2010/ZAF
6295             wastewater/GII.7/MP_Dec10_1521_4/2010/ZAF
6296             wastewater/GP_Dec11_1395/ZAF
6297             wastewater/GP_Oct11_1145/ZAF
6298             wastewater/MP_Aug10_1010/ZAF
6299             wastewater/MP_Aug10_1011/ZAF
6300             wastewater/MP_Aug10_985/ZAF
6301             wastewater/MP_Aug10_992/ZAF
6302             wastewater/MP_Aug10_995/ZAF
6303             wastewater/MP_Jul11_862/ZAF
6304             wastewater/MP_Oct10_1229/ZAF
6305             wastewater/MP_Oct11_1086/ZAF
6306             wastewater/MP_Sep10_1102/ZAF
6307             wastewater/MP_Sep10_1124/ZAF
6308             wastewater/NW_Aug11_909/ZAF
6309             wastewater/NW_Dec11_1396/ZAF
6310             wastewater/NW_Jul11_759/ZAF
6311             wastewater/NW_Nov11_1268/ZAF
6312             water/LP_Jan12_1/ZAF
6313             water/LP_Jan12_23/ZAF
6314             water/LP_Jan12_5/ZAF
6315             water/LP_Jan12_7/ZAF
6316             water/LP_Mar12_7/ZAF
6317             water/LP_Mar12_PVT/ZAF
6318             WBUT_C01
6319             WM06i_A10G
6320             WM06i_A11B
6321             WM06i_A1D
6322             WM06i_A5D
6323             WM06i_B11A
6324             WM06i_B11H
6325             WM06i_B1G
6326             WM06i_B6A
6327             WM06i_B8F
6328             WM06i_B9F
6329             WOR_2
6330             WS01_1416
6331             WS01_480
6332             WS06_481
6333             WS08_522
6334             WS10_380
6335             WS12_472
6336             WS13_484
6337             WS18_483
6338             WS19_479
6339             XAN_1
6340             XAN_14
6341             XAN_8
6342             XZ110_XZ_CHN_2017
6343             XZ111_XZ_CHN_2017
6344             XZ112_XZ_CHN_2017
6345             XZ114_XZ_CHN_2017
6346             XZ115_XZ_CHN_2017
6347             XZ93_XZ_CHN_2017
6348             XZ97_XZ_CHN_2017
6349             XZ98_XZ_CHN_2017
6350             XZ99_XZ_CHN_2017
6351             Y2H-GFP_URA3
6352             Y4_579_1
6353             YS1-2_2434
6354             YS1-2_2437
6355             );
6356              
6357 17         417232 my %is_hyphenated = map { $_ => 1 } @GENERA;
  14484         29184  
6358 17         697 my %is_underscored = map { $_ => 1 } @SPECIES;
  90202         235148  
6359              
6360             sub _set_gca_and_or_taxon_id {
6361 2772     2772   4470 my $self = shift;
6362 2772         4297 my $strain = shift;
6363              
6364             # Note: we use named captures here (?<capture name> ... )
6365              
6366             ## no critic (ProhibitUnusedCapture)
6367              
6368             # handle GCA/GCF acting as taxon_ids
6369 2772 100       24474 if ($strain =~ m/\A (:?(?<strain>.*)_)? (?<gca>$NCBIGCA) \z/xms) {
    100          
6370              
6371             # truncate strain to optional non-GCA/GCF part (excl. underscore)...
6372             # ... and set taxon_id to full GCA/GCF
6373 17     17   8267 $self->_set_strain($+{strain});
  17         7533  
  17         15503  
  5         165  
6374 5         25 my $gca = $+{gca};
6375 5         178 $self->_set_taxon_id($gca);
6376 5         150 $self->_set_gca( $gca); # alias
6377              
6378             # further store GCA/GCF components for easier comparison
6379 5         20 my ($gca_novers, $gca_vers) = split /\./xms, $gca;
6380 5         171 $self->_set_gca_novers($gca_novers);
6381 5         157 $self->_set_gca_vers( $gca_vers );
6382 5         15 my ($gca_prefix, $gca_number) = split /_/xms, $gca_novers;
6383 5         171 $self->_set_gca_prefix($gca_prefix);
6384 5         156 $self->_set_gca_number($gca_number);
6385             }
6386              
6387             # handle regular taxon_ids
6388             elsif ($strain =~ m/\A (:?(?<strain>.*)_)? (?<taxon_id>$NCBIPKEY) \z/xms) {
6389             # truncate strain to optional non-taxon_id part (excl. underscore)...
6390             # ... and set taxon_id
6391 2711         86454 $self->_set_strain( $+{strain });
6392 2711         84219 $self->_set_taxon_id($+{taxon_id});
6393             }
6394              
6395             ## use critic
6396              
6397             # ignore legacy strains
6398 2772         6538 return;
6399             }
6400              
6401             sub BUILD {
6402 13124     13124 0 21801 my $self = shift;
6403              
6404             # parse potential taxonomy-aware abbreviated id
6405             # Note: such ids are still considered as foreign_ids
6406             {
6407 13124         368033 my ($strain, $acc) = $self->full_id =~ $TAXABBR_ID;
6408 13124 100       33869 if (defined $strain) {
6409 10         34 $self->_set_gca_and_or_taxon_id($strain);
6410 10         323 $self->_set_accession($acc);
6411 10         354 $self->_set_foreign;
6412 10         261 return;
6413             }
6414             }
6415              
6416             # parse potential NCBI FASTA-style GI id
6417             # Note: such ids are still considered as foreign_ids
6418             {
6419 13124         18740 my ($gi, $acc) = $self->full_id =~ $NCBIGI_ID;
  13114         320952  
6420 13114 100       32270 if (defined $gi) {
6421 128         3836 $self->_set_gi($gi);
6422 128         4121 $self->_set_accession($acc);
6423 128         4487 $self->_set_foreign;
6424 128         3313 return;
6425             }
6426             }
6427              
6428             # parse potential NCBI FASTA-style GNL id
6429             # Note: such ids are still considered as foreign_ids
6430             {
6431 13114         18455 my ($match) = $self->full_id =~ $NCBIGNL_ID;
  12986         18446  
  12986         313441  
6432 12986 100       31279 if ($match) {
6433 16         544 $self->_set_parts( [ split /\|/xms, $match ] );
6434 16         595 $self->_set_database( $self->get_part(1) ); # official
6435 16         547 $self->_set_identifier( $self->get_part(2) ); # aliases
6436 16         579 $self->_set_foreign;
6437 16         418 return;
6438             }
6439             }
6440              
6441             # skip RiboDB ids that look like weird full_ids
6442 12970 100       313145 if ($self->full_id =~ m/~$NCBIGCA/xms) {
6443 5         176 $self->_set_foreign;
6444 5         130 return;
6445             }
6446              
6447             # check full_id validity
6448 12965         318191 my ($family, $tag, $genus, $species, $strain, $acc, $tail, $new)
6449             = $self->full_id =~ $FULL_ID;
6450 12965 100       33090 unless (defined $genus) {
6451              
6452             # First try to coerce foreign full_id by replacing 1st '_' by ' '. If
6453             # this does not work, keep the original full_id and flag it as foreign.
6454             # This approach allows the transparent conversion of valid full_ids
6455             # from foreign software able to handle unlimited gap-free ids.
6456             # Note: This will fails if the optional family part contains an '_'.
6457              
6458 10954         260886 my $cand_id = $self->full_id =~ s{_}{ }xmsr;
6459 10954         42925 ($family, $tag, $genus, $species, $strain, $acc, $tail, $new)
6460             = $cand_id =~ $FULL_ID;
6461 10954 100       25496 unless (defined $genus) {
6462 10143         333202 $self->_set_foreign;
6463 10143         253825 return;
6464             }
6465 811         20795 $self->_set_full_id($cand_id);
6466             }
6467              
6468             # handle hyphenated genera that could interfere with family definition
6469 2822 100       5953 if (defined $family) {
6470 29         81 my $hyphenated = $family . '-' . $genus;
6471 29 100       107 if (defined $is_hyphenated{$hyphenated}) {
6472 3         7 $family = undef;
6473 3         7 $genus = $hyphenated;
6474             }
6475             }
6476              
6477             # handle underscored species that could interfere with species definition
6478 2822 100       6024 if (defined $strain) {
6479 2763         5891 my $underscored = $species . '_' . $strain;
6480 2763 100       8124 if (defined $is_underscored{$underscored}) {
6481 1         3 $strain = undef;
6482 1         3 $species = $underscored;
6483             }
6484             }
6485              
6486             # populate legacy components from full_id (and tail)
6487 2822         86678 $self->_set_family($family);
6488 2822         79546 $self->_set_tag($tag);
6489 2822         83651 $self->_set_genus($genus);
6490 2822         84044 $self->_set_species($species);
6491 2822         82563 $self->_set_strain($strain);
6492 2822         85519 $self->_set_accession($acc);
6493 2822         81518 $self->_set_tail($tail);
6494              
6495             # populate modern components if available
6496 2822 100       9697 $self->_set_gca_and_or_taxon_id($strain) if defined $strain;
6497 2822 100       83377 $self->_set_gi($acc) if $acc =~ $PKEYONLY;
6498              
6499             # set new flag if needed
6500 2822 100       6192 $self->_set_new if $new;
6501              
6502 2822         72741 return;
6503             }
6504              
6505             } # end of BEGIN block
6506              
6507              
6508             around qr{ is_new | is_genus_only | is_doubtful | org $ }xms => sub {
6509             my $method = shift;
6510             my $self = shift;
6511              
6512             # Note: we return an explicit undef to emulate other accessor behavior
6513             return undef if $self->is_foreign; ## no critic (ProhibitExplicitReturnUndef)
6514             return $self->$method(@_);
6515             };
6516              
6517              
6518              
6519             sub is_genus_only {
6520             my $self = shift;
6521             return 1 if $self->species =~ $GENUSONLY;
6522             return 0;
6523             }
6524              
6525              
6526             sub is_doubtful {
6527             my $self = shift;
6528             return 1 if defined $self->tag && $self->tag =~ $DOUBTFUL;
6529             return 0;
6530             }
6531              
6532              
6533             sub org {
6534             my $self = shift;
6535             return $self->genus . q{ } . $self->species;
6536             }
6537              
6538              
6539             sub abbr_org {
6540             my $self = shift;
6541             return substr($self->genus, 0, 1) . q{. } . $self->species;
6542             }
6543              
6544              
6545             sub full_org {
6546             my $self = shift;
6547             my $sep = shift // '_'; # default to underscore
6548              
6549             my $org = $self->org;
6550             $org .= $sep . $self->strain if $self->strain;
6551             $org .= $sep . $self->taxon_id if $self->taxon_id;
6552             # also works with GCA/GCF!
6553             return $org;
6554             }
6555              
6556              
6557             sub family_then_full_org { ## no critic (RequireArgUnpacking)
6558             my $self = shift;
6559              
6560             my $family = $self->family // q{};
6561             $family .= '-' if $family;
6562              
6563             return $family . $self->full_org(@_); # note the currying
6564             }
6565              
6566              
6567             sub contam_org {
6568             my $self = shift;
6569              
6570             return undef unless $self->tail; ## no critic (ProhibitExplicitReturnUndef)
6571             # Note: we return an explicit undef to emulate other accessor behavior
6572              
6573             # only replace the first underscore by a space (for consistency)
6574             return $self->tail =~ s{_}{ }xmsr;
6575             }
6576              
6577              
6578             sub foreign_id {
6579 1023     1023 1 2762 my $self = shift;
6580              
6581             # do not alter full_id if already foreign!
6582 1023 100       23388 return $self->full_id if $self->is_foreign;
6583              
6584             # otherwise, only replace the first space by an underscore
6585 843         18495 return $self->full_id =~ s{\ }{_}xmsr;
6586             }
6587              
6588              
6589             sub nexus_id {
6590 51     51 1 97 my $self = shift;
6591              
6592             # quoted named are not escaped by Bio::Phylo...
6593             # ... but cannot contain single quotes
6594              
6595 51         1294 my $full_id = $self->full_id =~ tr/'//dr; # remove quotes...
6596 51         1786 return qq{'$full_id'}; # ... and requote
6597             }
6598              
6599              
6600             sub abbr_with_regex {
6601 49     49 1 70 my $self = shift;
6602 49   50     101 my $prefix = shift // q{};
6603 49   33     99 my $regex = shift // $DEF_ID;
6604              
6605 49         1297 my @ids = $self->full_id =~ $regex; # capture original id(s)
6606 49         196 s{$NOID_CHARS}{_}xmsg for @ids; # substitute forbidden chars
6607 49         119 my $abbr_id = join q{}, $prefix, @ids;
6608              
6609 49         146 return $abbr_id;
6610             }
6611              
6612             # from Bio::Phylo::PhyloRole
6613              
6614             # =item get_nexus_name()
6615             #
6616             # Gets invocant's name, modified to be safely used in nexus files. This means that:
6617             #
6618             # =item names with spaces in them that aren't 'single quoted' have their spaces replaced
6619             # with underscores
6620             #
6621             # =item names with any of the following characters in them are single quoted:
6622             # -^*(){}[]+=;:"\<>/,
6623             #
6624             # =item names with single quotes inside them (i.e. not around them) are "double quoted"
6625             #
6626             # Type : Accessor
6627             # Title : get_nexus_name
6628             # Usage : my $name = $obj->get_nexus_name;
6629             # Function: Returns the object's name.
6630             # Returns : A string
6631             # Args : None
6632             #
6633             # =cut
6634             #
6635             # sub get_nexus_name {
6636             # my $self = shift;
6637             # my $name = $self->get_internal_name;
6638             # if ( $name =~ /\s/ && $name !~ /^'.+'$/ ) {
6639             # $name =~ s/\s/_/g;
6640             # }
6641             # if ( $name =~ /(?:\-|\^|\*|\(|\)|{|}|\[|\]|\+|=|;|:|"|\\|<|>|\/|,)/
6642             # && $name !~ /^'.+'$/ )
6643             # {
6644             # $name = "'${name}'";
6645             # }
6646             # if ( $name =~ /'/ && $name !~ /^".+"$/ && $name !~ /^'.+'$/ ) {
6647             # $name = "\"${name}\"";
6648             # }
6649             # return $name;
6650             # }
6651              
6652              
6653             # class methods to build modern MUST-compliant id from NCBI components
6654              
6655              
6656             sub new_with { ## no critic (RequireArgUnpacking)
6657 24     24 1 181 my $class = shift;
6658 24         98 my %args = @_; # TODO: handle HashRef?
6659              
6660             my ($org, $taxon_id, $accession, $keep_strain)
6661 24         98 = @args{ qw(org taxon_id accession keep_strain) };
6662 24   33     56 $accession //= $args{gi}; # fall back to legacy argument name
6663              
6664             # extract components from organism name
6665 24         105 my ($genus, $species, $strain) = $class->parse_ncbi_name($org);
6666             # Note: genus, species and strain will have been cleaned-up at this stage
6667              
6668             # truncate name to Genus species (or sp. if none)
6669             # append strain (if asked to do so)
6670             # append NCBI taxon_id or GCA/GCF as pseudo-strain
6671             # append accession number (if provided)
6672 24 50       150 my $full_id
    100          
    100          
    100          
    100          
6673             = $genus . ' '
6674             . ($species ? ( $species ) : 'sp.')
6675             . ($strain ? ( $keep_strain ? ('_' . $strain ) : q{} ) : q{} )
6676             . ($taxon_id ? ('_' . $taxon_id ) : q{} )
6677             . ($accession ? ('@' . $accession ) : q{} )
6678             ;
6679              
6680 24         736 return $class->new( full_id => $full_id );
6681             }
6682              
6683              
6684              
6685             sub parse_ncbi_name {
6686 24     24 1 43 my $class = shift;
6687 24         40 my $org = shift;
6688              
6689             # clean org name
6690 24         61 $org = $class->clean_ncbi_name($org);
6691              
6692             # split org name into max 3 components: genus, species and strain
6693             # strain is a greedy component for trailing information
6694 24         110 my ($genus, $species, $strain) = split /\s+/xms, $org, 3;
6695              
6696             # clean strain of unwanted prefices and characters (if any)
6697 24 100       62 $strain = $class->clean_strain($strain) if $strain;
6698              
6699 24         83 return ($genus, $species, $strain);
6700             }
6701              
6702              
6703             sub clean_ncbi_name {
6704 29     29 1 4735 my $class = shift;
6705 29         43 my $org = shift;
6706              
6707             # remove unwanted prefices
6708 29         68 $org =~ s{uncultured \s+ candidatus \s+}{}xmsgi;
6709 29         78 $org =~ s{candidatus \s+}{}xmsgi;
6710              
6711             # remove cf.
6712 29 100       126 $org =~ s{\b cf \.? \s+}{}xmsgi
6713             if $org =~ m/\b cf \.? \s+ \D+ \s+/xmsgi;
6714             # Note: delete only if followed by a word without digits (not a strain)
6715             # hence when 'cf' does not stand for a species itself
6716              
6717             # remove unwanted characters
6718 29         63 $org =~ s{[\[\]\']}{}xmsgi;
6719              
6720 29         72 return $org;
6721             }
6722              
6723              
6724             sub clean_strain {
6725 8     8 1 15 my $class = shift;
6726 8         13 my $strain = shift;
6727              
6728             # remove unwanted prefices and characters (if any)
6729 8         49 $strain =~ s{\b substr \b}{}xmsgi;
6730 8         16 $strain =~ s{\b strain \b}{}xmsgi;
6731 8         15 $strain =~ s{\b subsp \b}{}xmsgi;
6732 8         17 $strain =~ s{\b ssp\. }{}xmsgi;
6733 8         20 $strain =~ s{\b str \b}{}xmsgi;
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6792             =head1 AUTHOR
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6794             Denis BAURAIN <denis.baurain@uliege.be>
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6796             =head1 CONTRIBUTOR
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6798             =for stopwords Mick VAN VLIERBERGHE
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6800             Mick VAN VLIERBERGHE <mvanvlierberghe@doct.uliege.be>
6801              
6802             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
6803              
6804             This software is copyright (c) 2013 by University of Liege / Unit of Eukaryotic Phylogenomics / Denis BAURAIN.
6805              
6806             This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
6807             the same terms as the Perl 5 programming language system itself.
6808              
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