File Coverage

blib/lib/Bio/Tools/EUtilities/Summary/Item.pm
Criterion Covered Total %
statement 58 130 44.6
branch 15 44 34.0
condition 2 12 16.6
subroutine 15 30 50.0
pod 21 21 100.0
total 111 237 46.8


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Tools::EUtilities::Summary::Item;
2             $Bio::Tools::EUtilities::Summary::Item::VERSION = '1.76';
3 1     1   7 use utf8;
  1         2  
  1         5  
4 1     1   31 use strict;
  1         2  
  1         18  
5 1     1   4 use warnings;
  1         2  
  1         38  
6 1     1   6 use base qw(Bio::Root::Root Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI);
  1         2  
  1         1818  
7              
8             # ABSTRACT: Simple layered object for DocSum item data.
9             # AUTHOR: Chris Fields
10             # OWNER: 2006-2013 Chris Fields
11             # LICENSE: Perl_5
12              
13              
14              
15             sub new {
16 160     160 1 1588 my ($class, @args) = @_;
17 160         376 my $self = $class->SUPER::new(@args);
18 160         4023 my ($type) = $self->_rearrange(['DATATYPE'],@args);
19 160   50     3344 $type ||= 'item';
20 160         420 $self->datatype($type);
21 160         422 $self->eutil('esummary');
22 160         408 $self->rewind('recursive');
23 160         352 return $self;
24             }
25              
26              
27             sub get_ids {
28 0     0 1 0 my $self = shift;
29 0         0 return ($self->{'_id'});
30             }
31              
32              
33             sub get_id {
34 9     9 1 4271 my $self = shift;
35 9         45 return $self->{'_id'};
36             }
37              
38              
39             sub next_ListItem {
40 0     0 1 0 my $self = shift;
41 0 0       0 unless ($self->{'_lists_it'}) {
42 0         0 my @lists = $self->get_ListItems;
43             # reset the structure iterator (required!)
44 0 0       0 delete $self->{'_structures_it'} if $self->{'_structures_it'};
45 0     0   0 $self->{'_lists_it'} = sub {return shift @lists}
46 0         0 }
47 0         0 return $self->{'_lists_it'}->();
48             }
49              
50              
51             sub get_ListItems {
52 59     59 1 92 my $self = shift;
53 59 100       108 my @items = $self->get_type eq 'List' ? $self->get_subItems : ();
54 59         145 return @items;
55             }
56              
57              
58             sub next_StructureItem {
59 0     0 1 0 my $self = shift;
60 0 0       0 unless ($self->{'_structures_it'}) {
61 0         0 my @structs = $self->get_StructureItems;
62 0     0   0 $self->{'_structures_it'} = sub {return shift @structs}
63 0         0 }
64 0         0 return $self->{'_structures_it'}->();
65             }
66              
67              
68             sub get_StructureItems {
69 18     18 1 1482 my $self = shift;
70 18 50       41 my @items = $self->get_type eq 'Structure' ? $self->get_subItems : ();
71 18         56 return @items;
72             }
73              
74              
75             sub next_subItem {
76 0     0 1 0 my $self = shift;
77 0 0       0 unless ($self->{'_subitem_it'}) {
78 0         0 my @structs = $self->get_subItems;
79 0     0   0 $self->{'_subitem_it'} = sub {return shift @structs}
80 0         0 }
81 0         0 return $self->{'_subitem_it'}->();
82             }
83              
84              
85             sub get_subItems {
86 21     21 1 38 my $self = shift;
87 21 50       55 ref $self->{'_items'} ? return @{ $self->{'_items'} } : return ();
  21         59  
88             }
89              
90              
91             sub get_name {
92 281     281 1 405 my $self = shift;
93 281         660 return $self->{'_itemname'};
94             }
95              
96              
97             sub get_type {
98 91     91 1 135 my $self = shift;
99 91         274 return $self->{'_itemtype'};
100             }
101              
102              
103             sub get_content {
104 28     28 1 46 my $self = shift;
105 28         91 return $self->{'_itemcontent'};
106             }
107              
108              
109             sub rewind {
110 160     160 1 260 my ($self, $request) = @_;
111 160 50 33     532 if ($request && $request eq 'all') {
112 0         0 map {$_->rewind()} $self->get_ListItems;
  0         0  
113             }
114 160 50       306 delete $self->{"_lists_it"} if $self->{"_lists_it"};
115 160 50       311 delete $self->{"_structures_it"} if $self->{"_structures_it"};
116             }
117              
118              
119              
120             sub next_Item {
121 0     0 1 0 my ($self, $request) = @_;
122 0 0       0 unless ($self->{"_items_it"}) {
123             #my @items = $self->get_Items;
124 0 0 0     0 my @items = ($request && $request eq 'flatten') ?
125             $self->get_all_Items :
126             $self->get_Items ;
127 0     0   0 $self->{"_items_it"} = sub {return shift @items}
128 0         0 }
129 0         0 $self->{'_items_it'}->();
130             }
131              
132              
133             sub get_Items {
134 1     1 1 744 my $self = shift;
135 1 50       8 return ref $self->{'_items'} ? @{ $self->{'_items'} } : return ();
  1         6  
136             }
137              
138              
139             sub get_all_Items {
140 0     0 1 0 my $self = shift;
141 0 0       0 unless ($self->{'_ordered_items'}) {
142 0         0 for my $item ($self->get_Items) {
143 0         0 push @{$self->{'_ordered_items'}}, $item;
  0         0  
144 0         0 for my $ls ($item->get_ListItems) {
145 0         0 push @{$self->{'_ordered_items'}}, $ls;
  0         0  
146 0         0 for my $st ($ls->get_StructureItems) {
147 0         0 push @{$self->{'_ordered_items'}}, $st;
  0         0  
148             }
149             }
150             }
151             }
152 0         0 return @{$self->{'_ordered_items'}};
  0         0  
153             }
154              
155              
156             sub get_all_names {
157 0     0 1 0 my ($self) = @_;
158 0         0 my %tmp;
159 0         0 my @data = grep {!$tmp{$_}++}
160 0         0 map {$_->get_name} $self->get_all_Items;
  0         0  
161 0         0 return @data;
162             }
163              
164              
165             sub get_Items_by_name {
166 0     0 1 0 my ($self, $key) = @_;
167 0 0       0 return unless $key;
168 0         0 my @data = grep {$_->get_name eq $key}
  0         0  
169             $self->get_all_Items;
170 0         0 return @data;
171             }
172              
173              
174             sub get_contents_by_name {
175 0     0 1 0 my ($self, $key) = @_;
176 0 0       0 return unless $key;
177 0         0 my @data = map {$_->get_content}
178 0         0 grep {$_->get_name eq $key}
  0         0  
179             $self->get_all_Items;
180 0         0 return @data;
181             }
182              
183              
184             sub get_type_by_name {
185 0     0 1 0 my ($self, $key) = @_;
186 0 0       0 return unless $key;
187 0         0 my ($it) = grep {$_->get_name eq $key} $self->get_all_Items;
  0         0  
188 0         0 return $it->get_type;
189             }
190              
191             # private data method
192              
193             sub _add_data {
194 160     160   281 my ($self, $data) = @_;
195 160 100       312 if ($data->{Item}) {
196 18         46 my $objtype = lc $data->{Type}.'_item';
197 18 50       48 $self->{'_id'} = $data->{Id} if exists $data->{Id};
198 18         29 for my $sd (@{ $data->{Item} } ) {
  18         39  
199 96 50       231 $sd->{Id} = $data->{Id} if exists $data->{Id};
200 96         213 my $subdoc = Bio::Tools::EUtilities::Summary::Item->new(
201             -datatype => $objtype,
202             -verbose => $self->verbose);
203 96         263 $subdoc->_add_data($sd);
204 96         134 push @{ $self->{'_items'} }, $subdoc;
  96         243  
205             }
206             }
207 160         278 for my $nm (qw(Type content Name)) {
208 480 100       1375 $self->{'_item'.lc $nm} = $data->{$nm} if defined $data->{$nm};
209             }
210 160 50       421 $self->{'_id'} = $data->{Id} if exists $data->{Id};
211             }
212              
213              
214             # recursively called to grab subitems, then layer
215              
216             sub to_string {
217 0     0 1   my $self = shift;
218 0   0       my $level = shift || 0;
219             # this is the field length for the initial data (spaces are padded in front)
220 0           my $pad = 20 - $level;
221 0   0       my $content = $self->get_content || '';
222 0           my $string .= sprintf("%-*s%-*s%s\n",
223             $level, '',
224             $pad, $self->get_name(),
225             $self->_text_wrap(':',
226             ' ' x ($pad).':',
227             $content));
228 0           for my $sub ($self->get_subItems) {
229 0           $string .= $sub->to_string(4 + $level);
230             }
231 0           return $string;
232             }
233              
234             1;
235              
236             __END__